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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r4q | ||||||
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タイトル | Shiga toxin | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / AB5 toxin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単一同系置換, averaging / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Fraser, M.E. / Fujinaga, M. / Cherney, M.M. / Melton-Celsa, A.R. / Twiddy, E.M. / O'Brien, A.D. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structure of Shiga Toxin Type 2 (Stx2) from Escherichia coli O157:H7. 著者: Fraser, M.E. / Fujinaga, M. / Cherney, M.M. / Melton-Celsa, A.R. / Twiddy, E.M. / O'Brien, A.D. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence the authors maintain that the sequence database reference is incorrect at this position |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r4q.cif.gz | 237.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r4q.ent.gz | 200.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r4q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r4q_validation.pdf.gz | 502.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r4q_full_validation.pdf.gz | 534.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r4q_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r4q_validation.cif.gz | 62.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r4q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32264.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌) プラスミド: PSHT23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 参照: UniProt: Q7BQ99, UniProt: Q9FBI2*PLUS, rRNA N-glycosylase #2: タンパク質 | 分子量: 7698.634 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌) プラスミド: PSHT23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q7BQ98 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: SODIUM CITRATE, ETHANOL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→98.6 Å / Num. all: 56837 / Num. obs: 53525 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 75.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換, 単一同系置換, averaging 解像度: 2.5→98.6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→98.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
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