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万見
- PDB-1r4k: Solution Structure of the Drosophila Argonaute 1 PAZ Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4k
タイトルSolution Structure of the Drosophila Argonaute 1 PAZ Domain
要素Argonaute 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of olfactory learning / Post-transcriptional silencing by small RNAs / female germ-line stem cell population maintenance / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / heterochromatin formation => GO:0031507 / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional regulation by small RNAs / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA ...regulation of olfactory learning / Post-transcriptional silencing by small RNAs / female germ-line stem cell population maintenance / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / heterochromatin formation => GO:0031507 / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional regulation by small RNAs / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / segment polarity determination / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / RISC-loading complex / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / habituation / RISC complex assembly / miRNA processing / RISC complex / miRNA binding / mRNA catabolic process / P-body / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Argonaute-1, isoform A / :
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR
データ登録者Yan, K.S. / Yan, S. / Farooq, A. / Han, A. / Zeng, L. / Zhou, M.-M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Structure and conserved RNA binding of the PAZ domain
著者: Yan, K.S. / Yan, S. / Farooq, A. / Han, A. / Zeng, L. / Zhou, M.-M.
履歴
登録2003年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7991
ポリマ－19,7991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1lowest energy structure

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要素

#1: タンパク質 Argonaute 1


分子量: 19799.145 Da / 分子数: 1 / 断片: PAZ Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ago1 / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9V6V6, UniProt: Q32KD4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA

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試料調製

詳細内容: 0.5mM Ago1 PAZ Domain, 100mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 5mM DTT-d10
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM sodium phosphate, 150mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Brukercollection
NMRPipe3.1Delaglio解析
NMRView5Johnsonデータ解析
X-PLOR3.1Brunger構造決定
ARIA1.2Nilges構造決定
ARIA1.2Nilges精密化
代表構造選択基準: lowest energy structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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