PDB-1r3n: Crystal structure of beta-alanine synthase from Saccharomyces kluyveri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r3n

タイトル

Crystal structure of beta-alanine synthase from Saccharomyces kluyveri

要素

beta-alanine synthase

キーワード

HYDROLASE / alpha and beta protein / di-zinc center

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ureidopropionase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / beta-ureidopropionase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lachancea kluyveri (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lundgren, S. / Gojkovic, Z. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Yeast beta-Alanine Synthase Shares a Structural Scaffold and Origin with Dizinc-dependent Exopeptidases
著者: Lundgren, S. / Gojkovic, Z. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

履歴

登録	2003年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r3n.cif.gz	649 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r3n.ent.gz	534.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1r3n_validation.pdf.gz	492.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r3n_full_validation.pdf.gz	555.5 KB	表示
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CIF形式データ	1r3n_validation.cif.gz	106.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1r43C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r43-d 2v8d-d 1z2l-d 6c0d-1 1o65-d 5zon-d 3tii-d 4w7k-d 1xcc-d 5tp4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: beta-alanine synthase

B: beta-alanine synthase

C: beta-alanine synthase

D: beta-alanine synthase

E: beta-alanine synthase

F: beta-alanine synthase

G: beta-alanine synthase

H: beta-alanine synthase

ヘテロ分子

408 kDa, 8 ポリマー
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1

A: beta-alanine synthase

B: beta-alanine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
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2

C: beta-alanine synthase

D: beta-alanine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
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3

E: beta-alanine synthase

F: beta-alanine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
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4

G: beta-alanine synthase

H: beta-alanine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.230, 77.120, 225.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	A	A	248 - 363	247 - 362
2	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	B	B	248 - 363	247 - 362
3	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	C	C	248 - 363	247 - 362
4	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	D	D	248 - 363	247 - 362
5	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	E	E	248 - 363	247 - 362
6	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	F	F	248 - 363	247 - 362
7	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	G	G	248 - 363	247 - 362
8	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	2	H	H	248 - 363	247 - 362
1	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	A	A	31 - 186	30 - 185
2	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	B	B	31 - 186	30 - 185
3	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	C	C	31 - 186	30 - 185
4	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	D	D	31 - 186	30 - 185
5	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	F	F	31 - 186	30 - 185
6	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	H	H	31 - 186	30 - 185
7	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	E	E	31 - 186	30 - 185
8	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	3	G	G	31 - 186	30 - 185
9	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	A	A	197 - 246	196 - 245
10	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	B	B	197 - 246	196 - 245
11	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	C	C	197 - 246	196 - 245
12	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	D	D	197 - 246	196 - 245
13	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	F	F	197 - 246	196 - 245
14	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	H	H	197 - 246	196 - 245
15	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	E	E	197 - 246	196 - 245
16	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	3	G	G	197 - 246	196 - 245
17	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	A	A	365 - 423	364 - 422
18	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	B	B	365 - 423	364 - 422
19	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	C	C	365 - 423	364 - 422
20	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	D	D	365 - 423	364 - 422
21	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	F	F	365 - 423	364 - 422
22	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	H	H	365 - 423	364 - 422
23	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	E	E	365 - 423	364 - 422
24	3	2	VAL	VAL	TYR	TYR	3	G	G	365 - 423	364 - 422
25	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	A	A	431 - 452	430 - 451
26	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	B	B	431 - 452	430 - 451
27	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	C	C	431 - 452	430 - 451
28	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	D	D	431 - 452	430 - 451
29	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	F	F	431 - 452	430 - 451
30	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	H	H	431 - 452	430 - 451
31	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	E	E	431 - 452	430 - 451
32	4	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	G	G	431 - 452	430 - 451
33	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	A	I - J	500 - 501
34	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	B	L - M	500 - 501
35	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	C	O - P	500 - 501
36	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	D	R - S	500 - 501
37	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	F	Y - Z	500 - 501
38	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	H	EA - FA	500 - 501
39	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	E	U - V	500 - 501
40	5	2	ZN	ZN	ZN	ZN	1	G	AA - BA	500 - 501

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a dimer. The asymmetric unit contains four such dimers.

#1: タンパク質	beta-alanine synthase 分子量: 50728.598 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea kluyveri (菌類) / 遺伝子: PYD3 / プラスミド: P491 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus / 参照: UniProt: Q96W94, beta-ureidopropionase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BIB / BETA-AMINO ISOBUTYRATE 分子量: 102.112 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.82 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: trisodium citrate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	4.0-4.5 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris	1	drop	pH7.5
3	1 mM	dithiothreitol	1	drop
4	100 mM		1	drop		NaCl
5	0.88 M	trisodium citrate	1	reservoir
6	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH6.0
7	5 %(v/v)	dioxane	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月10日 / 詳細: diamond monochromator and bent multilayer
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 106190 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 54.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 13170 / % possible all: 82.2
反射シェル	PLUS % possible obs*: 82.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: model of seleno-methionine substituted beta-alanine synthase from the same source

解像度: 2.7→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 15.258 / SU ML: 0.301 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26577	5296	5 %	RANDOM
R_work	0.20837	-	-	-
obs	0.21118	100879	95.84 %	-
all	-	100879	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.339 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	2.2 Å²
2-	-	-2.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26906	0	72	519	27497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	27622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.189	1.938	37391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.301	5	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	21260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	12807
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.218	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.185	1.5	17236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.447	2	27646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.97	3	10386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.621	4.5	9745

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	464	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	464	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	464	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	464	tight positional	0.04	0.05
1	5	E	464	tight positional	0.03	0.05
1	6	F	464	tight positional	0.04	0.05
1	7	G	464	tight positional	0.03	0.05
1	8	H	464	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	1150	tight positional	0.07	0.05
2	2	B	1150	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	1150	tight positional	0.04	0.05
2	4	D	1150	tight positional	0.03	0.05
2	5	F	1150	tight positional	0.04	0.05
2	6	H	1150	tight positional	0.03	0.05
2	7	E	1150	tight positional	0.03	0.05
2	8	G	1150	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	427	medium positional	0.47	0.5
1	2	B	427	medium positional	0.49	0.5
1	3	C	427	medium positional	0.47	0.5
1	4	D	427	medium positional	0.46	0.5
1	5	E	427	medium positional	0.47	0.5
1	6	F	427	medium positional	0.46	0.5
1	7	G	427	medium positional	0.48	0.5
1	8	H	427	medium positional	0.5	0.5
2	1	A	1081	loose positional	0.58	5
2	2	B	1081	loose positional	0.71	5
2	3	C	1081	loose positional	0.56	5
2	4	D	1081	loose positional	0.7	5
2	5	F	1081	loose positional	0.59	5
2	6	H	1081	loose positional	0.64	5
2	7	E	1081	loose positional	1.07	5
2	8	G	1081	loose positional	0.8	5
1	1	A	464	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	464	tight thermal	0.06	0.5
1	3	C	464	tight thermal	0.06	0.5
1	4	D	464	tight thermal	0.05	0.5
1	5	E	464	tight thermal	0.06	0.5
1	6	F	464	tight thermal	0.05	0.5
1	7	G	464	tight thermal	0.05	0.5
1	8	H	464	tight thermal	0.05	0.5
2	1	A	1150	tight thermal	0.07	0.5
2	2	B	1150	tight thermal	0.05	0.5
2	3	C	1150	tight thermal	0.06	0.5
2	4	D	1150	tight thermal	0.05	0.5
2	5	F	1150	tight thermal	0.07	0.5
2	6	H	1150	tight thermal	0.06	0.5
2	7	E	1150	tight thermal	0.06	0.5
2	8	G	1150	tight thermal	0.06	0.5
1	1	A	427	medium thermal	0.66	2
1	2	B	427	medium thermal	0.45	2
1	3	C	427	medium thermal	0.5	2
1	4	D	427	medium thermal	0.45	2
1	5	E	427	medium thermal	0.44	2
1	6	F	427	medium thermal	0.47	2
1	7	G	427	medium thermal	0.48	2
1	8	H	427	medium thermal	0.46	2
2	1	A	1081	loose thermal	1.51	10
2	2	B	1081	loose thermal	1.1	10
2	3	C	1081	loose thermal	1.54	10
2	4	D	1081	loose thermal	1.08	10
2	5	F	1081	loose thermal	1.36	10
2	6	H	1081	loose thermal	1.15	10
2	7	E	1081	loose thermal	1.45	10
2	8	G	1081	loose thermal	1.53	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.355	318
R_work	0.277	6251
obs	-	6632

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.266 / R_factor R_work: 0.208

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.2

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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