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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r3k | ||||||
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タイトル | potassium channel KcsA-Fab complex in low concentration of Tl+ | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / potassium channel / KcsA-Fab complex / Thallium | ||||||
機能・相同性 | ![]() humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / delayed rectifier potassium channel activity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / voltage-gated potassium channel complex ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / delayed rectifier potassium channel activity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / voltage-gated potassium channel complex / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, Y. / MacKinnon, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The occupancy of ions in the K+ selectivity filter: Charge balance and coupling of ion binding to a protein conformational change underlie high conduction rates 著者: Zhou, Y. / MacKinnon, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The ligand DGA is a partial lipid. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for chains A and B at the time ...SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for chains A and B at the time of processing. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 657.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 677.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | homo-tetramer of KcsA is generated by four fold axis: x,y,z -x,-y,z -x,y,z x,-y,z |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Mutation: P2A,L90C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: KCSA, SKC1, SCO7660, SC10F4.33 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-DGA / |
#5: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: PEG400, sodium acetate, magnesium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 21868 / Num. obs: 21868 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1K4C 解像度: 2.8→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The occupancy of ions in this model were estimated values. Please refer to the primary citation for a detailed analysis of ion occupancy.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5527 Å2 / ksol: 0.347237 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.46 Å / Luzzati sigma a free: 0.59 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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