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- PDB-1r3k: potassium channel KcsA-Fab complex in low concentration of Tl+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r3k
タイトルpotassium channel KcsA-Fab complex in low concentration of Tl+
要素
  • Antibody Fab fragment heavy chain
  • Antibody Fab fragment light chain
  • Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / KcsA-Fab complex / Thallium
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / action potential / voltage-gated potassium channel activity ...phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / action potential / voltage-gated potassium channel activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / voltage-gated potassium channel complex / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / : / Helix Hairpins / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / : / Helix Hairpins / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIACYL GLYCEROL / THALLIUM (I) ION / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region secreted form / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhou, Y. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The occupancy of ions in the K+ selectivity filter: Charge balance and coupling of ion binding to a protein conformational change underlie high conduction rates
著者: Zhou, Y. / MacKinnon, R.
履歴
登録2003年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN The ligand DGA is a partial lipid.
Remark 999SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for chains A and B at the time ...SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for chains A and B at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2977
ポリマ－60,0593
非ポリマー1,2384
水00
1
A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Antibody Fab fragment light chain
B: Antibody Fab fragment heavy chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,18728
ポリマ－240,23412
非ポリマー4,95316
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.180, 154.180, 75.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-301-

TL

21C-302-

TL

31C-303-

TL

詳細homo-tetramer of KcsA is generated by four fold axis: x,y,z -x,-y,z -x,y,z x,-y,z

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要素

#1: 抗体 Antibody Fab fragment light chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 Antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868*PLUS
#3: タンパク質 Voltage-gated potassium channel


分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Mutation: P2A,L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: KCSA, SKC1, SCO7660, SC10F4.33 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: P0A334
#4: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#5: 化合物 ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PEG400, sodium acetate, magnesium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris1droppH7.5
25 mMDM1drop
325 mM1dropTlNO3
418-25 %(w/v)PEG4001reservoir
550 mMmagnesium acetate1reservoir
650 mMsodium acetate1reservoirpH5.4
7215 mM1dropNaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 21868 / Num. obs: 21868 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K4C

1k4c


解像度: 2.8→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The occupancy of ions in this model were estimated values. Please refer to the primary citation for a detailed analysis of ion occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1094 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.24 21821 --
obs0.24 21821 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5527 Å2 / ksol: 0.347237 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.37 Å20 Å20 Å2
2---5.37 Å20 Å2
3---10.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.46 Å / Luzzati sigma a free: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3981 0 24 0 4005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 172 4.8 %
Rwork0.351 3403 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TL_PB.PARLIPID.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIPID.PARTL_CHARGE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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