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万見
- PDB-1r30: The Crystal Structure of Biotin Synthase, an S-Adenosylmethionine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r30
タイトルThe Crystal Structure of Biotin Synthase, an S-Adenosylmethionine-Dependent Radical Enzyme
要素Biotin synthase
キーワードTRANSFERASE / SAM Radical protein / TIM barrel / FeS cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin synthase / biotin synthase activity / biotin biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Biotin synthase/Biotin biosynthesis bifunctional protein BioAB / Biotin synthase / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM ...Biotin synthase/Biotin biosynthesis bifunctional protein BioAB / Biotin synthase / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DTB / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Biotin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Berkovitch, F. / Nicolet, Y. / Wan, J.T. / Jarrett, J.T. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of biotin synthase, an S-adenosylmethionine-dependent radical enzyme.
著者: Berkovitch, F. / Nicolet, Y. / Wan, J.T. / Jarrett, J.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2003年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin synthase
B: Biotin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,12811
ポリマ－82,7252
非ポリマー2,4029
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.690, 155.690, 90.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a dimer containing both chains A and B

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Biotin synthase / Biotin synthetase


分子量: 41362.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BIOB / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P12996, biotin synthase

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非ポリマー , 5種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-DTB / 6-(5-METHYL-2-OXO-IMIDAZOLIDIN-4-YL)-HEXANOIC ACID / D-DESTHIOBIOTIN / デスチオビオチン


分子量: 214.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Tris, MgCl2, PEG 1000, Glycine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1droppH8.0
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.1 Mglycine1reservoir
50.2 M1reservoirMgCl2
620 %(w/v)PEG10001reservoirpH6.5
72.5 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.30000, 1.73827, 1.74150
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.31
21.738271
31.74151
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 17465 / Num. obs: 17465 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 15.79
反射 シェル解像度: 3.4→3.51 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.78 / Num. unique all: 1416 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 79.9
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.9 % / Rmerge(I) obs: 0.259

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
CBASSデータ収集
Adxvdata processing
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.4→44.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was refined with strict NCS constraints for the first stages of refinement. This was converted into strong NCS restraints during the last stages
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1242 7.1 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.256 17464 98.2 %-
all-17464 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 136.603 Å2 / ksol: 0.34188 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 90.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.51 Å213.46 Å20 Å2
2--17.51 Å20 Å2
3----35.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.88 Å0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4866 0 116 0 4982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTREINT
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 182 6.7 %
Rwork0.379 2539 -
obs-2539 93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CLUSTERS.PARAMCLUSTERS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LIGANDS_NEW.PARAMLIGANDS_NEW.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.4 Å / Rfactor Rfree: 0.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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