PDB-1r2m: Atomic resolution structure of the HFBII hydrophobin: a self-asse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r2m

タイトル

Atomic resolution structure of the HFBII hydrophobin: a self-assembling amphiphile

要素

Hydrophobin II

キーワード

surface active protein / amphiphile / fungi / self-assembly / protein surfactant

機能・相同性

機能・相同性情報

spore wall / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å

データ登録者

Hakanpaa, J. / Paananen, A. / Askolin, S. / Nakari-Setala, T. / Parkkinen, T. / Penttila, M. / Linder, M.B. / Rouvinen, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Atomic resolution structure of the HFBII hydrophobin, a self-assembling amphiphile.
著者: Hakanpaa, J. / Paananen, A. / Askolin, S. / Nakari-Setala, T. / Parkkinen, T. / Penttila, M. / Linder, M.B. / Rouvinen, J.

履歴

登録	2003年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r2m.cif.gz	66.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r2m.ent.gz	53.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r2m_validation.pdf.gz	418.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r2m_full_validation.pdf.gz	418.6 KB	表示
XML形式データ	1r2m_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	1r2m_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b97-1 2pl6-5 5n35-d 5eca-d 1m3c-d 2b97-2 2j6k-3 4rtx-4 2kf7-d 1hd3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydrophobin II

B: Hydrophobin II

ヘテロ分子

14.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrophobin II

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hydrophobin II

登録者が定義した集合体
7.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.657, 46.310, 34.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1008- HOH
2	1	B-140- HOH
3	1	B-184- HOH

#1: タンパク質	Hydrophobin II / HFBII 分子量: 7201.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: QM9414 / 参照: UniProt: P79073
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.24 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 2000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	25 %	PEG2000	1	reservoir
2	0.2 M	lithium sulfate	1	reservoir
3	10 mM		1	reservoir	MnCl2
4	0.1 M	sodium HEPES	1	reservoir		pH7.5
5	8 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X11 / 波長: 0.8126 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月17日
放射	モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8126 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→25 Å / Num. obs: 61978 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.45 % / B_iso Wilson estimate: 9.2 Å² / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.235 / % possible all: 99.6
反射	PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 214050 / R_merge(I) obs*: 0.063
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.6 % / R_merge(I) obs*: 0.235

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
ACORN		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.254 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15316	3165	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13706	-	-	-
obs	0.13789	58818	99.77 %	-
all	-	61978	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1009	0	1	251	1261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.994	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.789	3	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.61	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.445	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.094	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.199	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.771	1.5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.248	2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.309	3	308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.039	4.5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.674	2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	1.697	2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.506	2	1011

LS精密化シェル

解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.186	240
R_work	0.168	4333

精密化

*PLUS

最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 25 Å / R_factor R_free: 0.155 / R_factor R_work: 0.138

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.394

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.188 / R_factor R_work: 0.172

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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