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- PDB-1r2a: THE MOLECULAR BASIS FOR PROTEIN KINASE A ANCHORING REVEALED BY SO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r2a
タイトルTHE MOLECULAR BASIS FOR PROTEIN KINASE A ANCHORING REVEALED BY SOLUTION NMR
要素PROTEIN (CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II REGULATORY SUBUNIT)
キーワードTRANSFERASE / REGULATORY SUBUNIT / ANCHORING / FOUR-HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity ...PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / small molecule binding / beta-2 adrenergic receptor binding / cAMP binding / T-tubule / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING
データ登録者Newlon, M.G. / Roy, M. / Morikis, D. / Hausken, Z.E. / Coghlan, V. / Scott, J.D. / Jennings, P.A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The molecular basis for protein kinase A anchoring revealed by solution NMR.
著者: Newlon, M.G. / Roy, M. / Morikis, D. / Hausken, Z.E. / Coghlan, V. / Scott, J.D. / Jennings, P.A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: A Calculation Strategy for the Structure Determination of Symmetric Dimers by 1H NMR
著者: Nilges, M.
履歴
登録1998年12月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II REGULATORY SUBUNIT)
B: PROTEIN (CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II REGULATORY SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7962
ポリマ－10,7962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 49LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #10

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II REGULATORY SUBUNIT) / RIIA(1-44)


分子量: 5398.181 Da / 分子数: 2 / 断片: DIMERIZATION-ANCHORING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RIIA(1-44) / プラスミド: PET-16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12367, EC: 2.7.1.37

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D NOESY-HSQC
1213D TOCSY-HMQC
131CBCA(CO)NH
141HNCA
151HN(CO)CA
16113C FILTERED NOESY
171HNHA
1812D NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED RIIALPHA(1-44). 13C FILTERED EXPERIMENTS ON A 50% 13C,15N LABELED, 50% UNLABELED RIIALPHA(1-44) SAMPLE ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED RIIALPHA(1-44). 13C FILTERED EXPERIMENTS ON A 50% 13C,15N LABELED, 50% UNLABELED RIIALPHA(1-44) SAMPLE WERE USED TO OBTAIN INTERMOLECULAR CONTACTS OF THE HOMODIMER.

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試料調製

試料状態イオン強度: 0.012 mM / pH: 4.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
XPLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATIONS ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 49 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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