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万見
- PDB-1r24: FAB FROM MURINE IGG3 KAPPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r24
タイトルFAB FROM MURINE IGG3 KAPPA
要素
  • PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
キーワードIMMUNE SYSTEM / PRELIMINARY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Evans, S.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The role of homophilic binding in anti-tumor antibody R24 recognition of molecular surfaces. Demonstration of an intermolecular beta-sheet interaction between vh domains.
著者: Kaminski, M.J. / MacKenzie, C.R. / Mooibroek, M.J. / Dahms, T.E. / Hirama, T. / Houghton, A.N. / Chapman, P.B. / Evans, S.V.
履歴
登録1998年11月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
C: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
D: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7924
ポリマ－91,7924
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
D: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8962
ポリマ－45,8962
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA, PQS
3
A: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8962
ポリマ－45,8962
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)139.240, 82.070, 73.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))


分子量: 22827.256 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM ASCITES / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 PROTEIN (IGG3-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))


分子量: 23068.889 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM ASCITES / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.06 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
123 %PEG80001reservoir
20.2 Mzinc acetate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 270 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→6 Å / Num. obs: 26595 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rsym value: 0.075
反射
*PLUS
Num. measured all: 58762 / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FAB FROM YST9.1

解像度: 3.1→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.245 --
obs0.245 26595 92 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6458 0 0 0 6458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.334
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.4 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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