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万見
- PDB-1r14: Carbohydrate recognition and neck domains of surfactant protein A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r14
タイトルCarbohydrate recognition and neck domains of surfactant protein A (Sp-A) containing samarium
要素Pulmonary surfactant-associated protein A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CRD / alpha helical neck region
機能・相同性
機能・相同性情報


Signal regulatory protein family interactions / Surfactant metabolism / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / opsonization / response to interleukin-6 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / collagen trimer / response to epidermal growth factor / response to vitamin A ...Signal regulatory protein family interactions / Surfactant metabolism / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / opsonization / response to interleukin-6 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / collagen trimer / response to epidermal growth factor / response to vitamin A / cellular response to nitric oxide / response to hyperoxia / response to retinoic acid / response to glucocorticoid / positive regulation of phagocytosis / multivesicular body / response to hormone / circadian rhythm / cellular response to mechanical stimulus / carbohydrate binding / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Collectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...Collectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Pulmonary surfactant-associated protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Head, J.F. / Mealy, T.R. / McCormack, F.X. / Seaton, B.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of trimeric carbohydrate recognition and neck domains of surfactant protein A
著者: Head, J.F. / Mealy, T.R. / McCormack, F.X. / Seaton, B.A.
履歴
登録2003年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1694
ポリマ－16,6731
非ポリマー4963
水1086
1
A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子

A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子

A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50612
ポリマ－50,0183
非ポリマー1,4889
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.68, 97.68, 44.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein A / SP-A / PSP-A / PSAP


分子量: 16672.580 Da / 分子数: 1 / 断片: CRD and neck domains / 変異: N187S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: SFTPA1 OR SFTPA OR SFTP1 OR SFTP-1 / プラスミド: PVL 1392 / 属 (発現宿主): Trichoplusia / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P08427
#2: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: LiSO4, CaCl2, glycerol, trimannose, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mMTris1drop
250 mM1dropNaCl
33 mg/mlprotein1drop
41.6 M1reservoirLiSO4
510 mM1reservoirCaCl2
67 %(w/v)glycerol1reservoir
7100 mMMES1reservoirpH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.771, 1.8450, 1.8456
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7711
21.8451
31.84561
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8556 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 761 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 101169
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: sotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 693 -random
Rwork0.222 ---
obs0.222 8211 96.2 %-
all-8539 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1143 0 14 6 1163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.1535
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.35
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.736
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00662
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.154
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.35
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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