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万見
- PDB-1r0y: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) nucleo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r0y
タイトルCystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) nucleotide-binding domain one (NBD1) with ADP
要素Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter nucleotide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / Aggrephagy / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / intracellular pH elevation ...RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / Aggrephagy / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / intracellular pH elevation / amelogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / ABC-family proteins mediated transport / Clathrin-mediated endocytosis / chloride channel inhibitor activity / multicellular organismal-level water homeostasis / Ub-specific processing proteases / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / cholesterol biosynthetic process / chloride channel activity / positive regulation of exocytosis / ABC-type transporter activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / 14-3-3 protein binding / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / PDZ domain binding / establishment of localization in cell / recycling endosome membrane / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / early endosome / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Buchanan, S.G. / Burley, S.K. / Conners, K. / Dickey, M. / Dorwart, M. / Fowler, R. / Gao, X. / Guggino, W.B. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of nucleotide-binding domain 1 of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator.
著者: Lewis, H.A. / Buchanan, S.G. / Burley, S.K. / Conners, K. / Dickey, M. / Dorwart, M. / Fowler, R. / Gao, X. / Guggino, W.B. / Hendrickson, W.A. / Hunt, J.F. / Kearins, M.C. / Lorimer, D. / ...著者: Lewis, H.A. / Buchanan, S.G. / Burley, S.K. / Conners, K. / Dickey, M. / Dorwart, M. / Fowler, R. / Gao, X. / Guggino, W.B. / Hendrickson, W.A. / Hunt, J.F. / Kearins, M.C. / Lorimer, D. / Maloney, P.C. / Post, K.W. / Rajashankar, K.R. / Rutter, M.E. / Sauder, J.M. / Shriver, S. / Thibodeau, P.H. / Thomas, P.J. / Zhang, M. / Zhao, X. / Emtage, S.
履歴
登録2003年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,46214
ポリマ－128,3934
非ポリマー2,06910
水5,945330
1
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6464
ポリマ－32,0981
非ポリマー5473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5863
ポリマ－32,0981
非ポリマー4872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5863
ポリマ－32,0981
非ポリマー4872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6464
ポリマ－32,0981
非ポリマー5473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,92528
ポリマ－256,7878
非ポリマー4,13820
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation7_646y+1,x-1,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area24390 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area80170 Å2
手法PQS
6
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,92528
ポリマ－256,7878
非ポリマー4,13820
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.872, 171.872, 109.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / CFTR / cAMP- dependent chloride channel


分子量: 32098.324 Da / 分子数: 4 / 断片: NBD1 domain (residues 389-673) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CFTR OR ABCC7 / プラスミド: pET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26361
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium acetate,, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4, 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
23.5-4.0 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月23日
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→36.5 Å / Num. obs: 53962 / % possible obs: 100 % / Rsym value: 0.077
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / Rsym value: 0.35 / % possible all: 100
反射
*PLUS
冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→36 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 2698 Random
Rwork0.207 --
all0.211 53961 -
obs0.211 53961 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8391 0 132 330 8853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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