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万見
- PDB-1qyk: GCATGCT + Barium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qyk
タイトルGCATGCT + Barium
要素5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
キーワードDNA / Quadruplex DNA
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Cardin, C.J. / Gan, Y. / Thorpe, J.H. / Teixeira, S.C.M. / Gale, B.C. / Moraes, M.I.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Metal Ion Distribution and Stabilization of the DNA Quadruplex Structure Formed by d(GCATGCT)
著者: Cardin, C.J. / Gan, Y. / Thorpe, J.H. / Teixeira, S.C.M. / Gale, B.C. / Moraes, M.I.A.
履歴
登録2003年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月12日Group: Version format compliance
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5014
ポリマ－4,2272
非ポリマー2752
水73941
1
A: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0038
ポリマ－8,4544
非ポリマー5494
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)22.015, 59.536, 47.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

HOH

21A-108-

HOH

31B-111-

HOH

41B-142-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: Sodium Cacodylate, Barium Chloride, Potassium Chloride, MPD, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2Barium Chloride11
3Potassium Chloride11
4MPD11
5H2O11
6Sodium Cacodylate12
7Barium Chloride12
8MPD12
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8416 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8416 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 6514 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 1.4→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / Num. unique all: 1686 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB entry UDG028

解像度: 1.4→100 Å / Num. parameters: 2909 / Num. restraintsaints: 2843 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 311 6.4 %RANDOM
Rwork0.2011 ---
obs0.2011 4860 98.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 316.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 280 2 41 323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0009
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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