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万見
- PDB-1qy1: Thermodynamics of Binding of 2-methoxy-3-isopropylpyrazine and 2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qy1
タイトルThermodynamics of Binding of 2-methoxy-3-isopropylpyrazine and 2-methoxy-3-isobutylpyrazine to the Major Urinary Protein
要素Major Urinary Protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LIPOCALIN / BETA-BARREL / MUP1 / 2-METHOXY-3-ISOBUTYLPYRAZINE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stilbenoid / pheromone activity / cellular response to food / pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...response to stilbenoid / pheromone activity / cellular response to food / pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of lipid storage / negative regulation of gluconeogenesis / aerobic respiration / cellular response to starvation / mitochondrion organization / insulin receptor activity / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-ISOBUTYL-3-METHOXYPYRAZINE / Major urinary protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bingham, R.J. / Findlay, J.B.C. / Hsieh, S.-Y. / Kalverda, A.P. / Kjellberg, A. / Perazzolo, C. / Phillips, S.E.V. / Seshadri, K. / Trinh, C.H. / Turnbull, W.B. ...Bingham, R.J. / Findlay, J.B.C. / Hsieh, S.-Y. / Kalverda, A.P. / Kjellberg, A. / Perazzolo, C. / Phillips, S.E.V. / Seshadri, K. / Trinh, C.H. / Turnbull, W.B. / Bodenhausen, G. / Homans, S.W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Thermodynamics of Binding of 2-Methoxy-3-isopropylpyrazine and 2-Methoxy-3-isobutylpyrazine to the Major Urinary Protein.
著者: Bingham, R.J. / Findlay, J.B.C. / Hsieh, S.-Y. / Kalverda, A.P. / Kjellberg, A. / Perazzolo, C. / Phillips, S.E.V. / Seshadri, K. / Trinh, C.H. / Turnbull, W.B. / Bodenhausen, G. / Homans, S.W.
履歴
登録2003年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年10月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Urinary Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6228
ポリマ－20,1391
非ポリマー4837
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Major Urinary Protein
ヘテロ分子

A: Major Urinary Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,24516
ポリマ－40,2792
非ポリマー96614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3620 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.575, 53.575, 137.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-623-

HOH

21A-627-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Major Urinary Protein


分子量: 20139.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: swiss / 遺伝子: MUP1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P11588
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PRZ / 2-ISOBUTYL-3-METHOXYPYRAZINE / 2-イソブチル-3-メトキシピラジン


分子量: 166.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: CADMIUM CHLORIDE, MALATE/HCL, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
155 mM1reservoirCdCl
2100 mMmalate1reservoirpH4.9
310 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月6日 / 詳細: CONFOCAL MAX-FLUX (OSMIC)
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28 Å / Num. all: 22921 / Num. obs: 20834 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3087 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 94.4
反射
*PLUS
Num. obs: 14995 / % possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→28 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1047 -RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 22921 --
obs0.183 20834 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.913 Å20 Å20 Å2
2---1.913 Å20 Å2
3---3.827 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.05 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 18 223 1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 94 -
Rwork0.29 --
obs-2122 94.1 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 28 Å / Rfactor Rfree: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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