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万見
- PDB-1qxh: Crystal Structure of Escherichia coli Thiol Peroxidase in the Oxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxh
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli Thiol Peroxidase in the Oxidized State
要素Thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiol peroxidase / scavengase P20 / antioxidant enzyme / peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroperoxide reductase activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / periplasmic space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Choi, J. / Choi, S. / Choi, J. / Shin, W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli thiol peroxidase in the oxidized state: insights into intramolecular disulfide formation and substrate binding in atypical 2-Cys peroxiredoxins
著者: Choi, J. / Choi, S. / Choi, J. / Cha, M.-K. / Kim, I.-H. / Shin, W.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of Escherichia coli p20, a novel thiol peroxidase
著者: Choi, J. / Choi, S. / Choi, J. / Cha, M.-K. / Kim, I.-H. / Shin, W.
履歴
登録2003年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol peroxidase
B: Thiol peroxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4342
ポリマ－35,4342
非ポリマー00
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.654, 58.428, 127.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Thiol peroxidase / Scavengase P20


分子量: 17717.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0A862, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, iso-propyl alcohol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 %PEG40001reservoir
220 %2-propyl alcohol1reservoir
350 mMsodium HEPES1reservoirpH7.
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月8日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 15120 / Num. obs: 15120 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique all: 1429 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 51963
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 1429 / Num. measured obs: 4891 / Rmerge(I) obs: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→20.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 930183.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 720 4.9 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.194 14619 --
obs0.191 14618 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.5007 Å2 / ksol: 0.332231 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.34 Å20 Å20 Å2
2--3.78 Å20 Å2
3----10.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 0 335 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 94 4.2 %
Rwork0.214 2168 -
obs--90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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