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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxb
タイトルNMR structure determination of the self complementary DNA Dodecamer CGCGAATT*CGCG in which a ribose is inserted between the 3'-OH of T8 and the 5'-phosphate group of C9
要素5'-d(CpGpCpGpApApTpTpCpGpCpG)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / disaccharide nucleotide / backbone modification / B-helix / ribose (リボース)
機能・相同性beta-D-ribofuranose / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, a molecular dynamics refinement
Model type detailsminimized average
データ登録者Nauwelaerts, K. / Vastmans, K. / Froeyen, M. / Kempeneers, V. / Rozenski, J. / Rosemeyer, H. / Van Aerschot, A. / Busson, R. / Efimtseva, E. / Mikhailov, S. ...Nauwelaerts, K. / Vastmans, K. / Froeyen, M. / Kempeneers, V. / Rozenski, J. / Rosemeyer, H. / Van Aerschot, A. / Busson, R. / Efimtseva, E. / Mikhailov, S. / Lescrinier, E. / Herdewijn, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Cleavage of DNA without loss of genetic information by incorporation of a disaccharide nucleoside.
著者: Nauwelaerts, K. / Vastmans, K. / Froeyen, M. / Kempeneers, V. / Rozenski, J. / Rosemeyer, H. / Van Aerschot, A. / Busson, R. / Lacey, J.C. / Efimtseva, E. / Mikhailov, S. / Lescrinier, E. / Herdewijn, P.
履歴
登録2003年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-d(CpGpCpGpApApTpTpCpGpCpG)-3'
B: 5'-d(CpGpCpGpApApTpTpCpGpCpG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6274
ポリマ－7,3272
非ポリマー3002
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(CpGpCpGpApApTpTpCpGpCpG)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 糖 ChemComp-BDR / beta-D-ribofuranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / BETA-D-RIBOFURANOSYL / β-D-リボフラノ-ス / リボース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
2412D NOESY
2522D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.4mM CGCGAATT*CGCG, 100% D2O100% D2O
23.4mM CGCGAATT*CGCG, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1no salt added 7.2 ambient 298 K
2no salt added 7.2 ambient 283 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bVariancollection
Felix97Biosym Technologies解析
Felix97Biosym Technologiesデータ解析
X-PLOR3.851Brnger AT構造決定
X-PLOR3.851Brnger AT精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, a molecular dynamics refinement
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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