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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qwv | ||||||
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タイトル | Solution structure of Antheraea polyphemus pheromone binding protein (ApolPBP) | ||||||
![]() | Pheromone-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / pheromone binding protein / Antheraea polyphemus / PBP / ApolPBP / hexahelical fold / PBP fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing, thin layer water refinement | ||||||
![]() | Mohanty, S. / Zubkov, S. / Gronenborn, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Solution NMR Structure of Antheraea polyphemus PBP Provides New Insight into Pheromone Recognition by Pheromone-binding Proteins 著者: Mohanty, S. / Zubkov, S. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 839.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 731 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 342.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15802.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: mixing time 110ms for 13C separated NOESY, 120ms for 15N separated NOESY |
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試料調製
詳細 | 内容: 1mM ApolPBP U-15N,13C; 50mM phosphate buffer; 1mM EDTA; 0.1% NaN3; 95% H2O; 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50mM phosphate / pH: 6.33 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics simulated annealing, thin layer water refinement ソフトェア番号: 1 詳細: 2501 NOE-derived distance constraints, 243 dihedral angle restraints, 120 distance restraints from hydrogen bonds | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |