PDB-1qw8: Crystal structure of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qw8

タイトル

Crystal structure of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase in complex with Ara-alpha(1,3)-Xyl

要素

Alpha-L-arabinofuranosidase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Bassov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and snapshots along the reaction pathway of a family 51 alpha-L-arabinofuranosidase
著者: Hoevel, K. / Shallom, D. / Niefind, K. / Belakhov, V. / Shoham, G. / Baasov, T. / Shoham, Y. / Schomburg, D.

履歴

登録	2003年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qw8.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qw8.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qw8_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qw8_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1qw8_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	1qw8_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/1qw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/1qw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pz2C 1pz3C 1qw9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qw9-1 1pz3-1 1pz2-1 5o82-d 5o80-d 2c8n-d 5o7z-d 5o81-d 2c7f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

A: Alpha-L-arabinofuranosidase

B: Alpha-L-arabinofuranosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
345 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.430, 179.430, 100.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Alpha-L-arabinofuranosidase / Arabinosidase

分子量: 57226.863 Da / 分子数: 2 / 変異: E175A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: ABFA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9XBQ3, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

#2: 多糖

alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-D-xylopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LArafa1-3DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a212h-1b_1-5][a211h-1a_1-4]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.64 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18 % PEG 3350, 0.2 M NH4F, 5 % 2-propanol, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	23 %(w/v)	PEG3350	1	reservoir
2	0.2 M		1	reservoir	NH4F
3	5 %(v/v)	2-propanol	1	reservoir
4	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月25日
放射	モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 107753 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 92.4
反射	PLUS Num. obs: 107887 / R_merge(I) obs*: 0.055
反射シェル	PLUS % possible obs: 92.4 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs*: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	5117	5 %	random
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.184	102359	97.2 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7972	0	38	930	8940

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	angle_d
X-RAY DIFFRACTION	angle_deg	1474

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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