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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qw2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Protein of Unknown Function TA1206 from Thermoplasma acidophilum | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein TA1206 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Beta/Alpha / Antiparallel beta sandwich / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Hypothetical protein Ta1206 fold / Hypothetical protein YunC / Protein of unknown function DUF1805 / Hypothetical protein YunC superfamily / Domain of unknown function (DUF1805) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Savchenko, A. / Evdokimova, E. / Kudrytska, M. / Edwards, A.E. / Christendat, D. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Hypothetical Protein "TA1206" from Thermoplasma acidophilum 著者: Savchenko, A. / Evdokimova, E. / Kudrytska, M. / Edwards, A.E. / Christendat, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 357.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 358 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11365.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.2M Magnesium Nitrate, 30% PEG 3350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月6日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 24601 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 2782 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 35.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2456 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 52.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.0536 Å2 / ksol: 0.412554 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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