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- PDB-1qvi: Crystal structure of scallop myosin S1 in the pre-power stroke st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qvi
タイトルCrystal structure of scallop myosin S1 in the pre-power stroke state to 2.6 Angstrom resolution: flexibility and function in the head
要素
  • Myosin essential light chain, striated adductor muscle
  • Myosin heavy chain, striated muscle
  • Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / scallop myosin subfragment-1 (S1) / pre-power stroke state / pliant region / internally-uncoupled state / SH1 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / myosin complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding ...muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / myosin complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...: / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Gourinath, S. / Himmel, D.M. / Brown, J.H. / Reshetnikova, L. / Szent-Gyrgyi, A.G. / Cohen, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of scallop Myosin s1 in the pre-power stroke state to 2.6 a resolution: flexibility and function in the head.
著者: Gourinath, S. / Himmel, D.M. / Brown, J.H. / Reshetnikova, L. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
履歴
登録2003年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain, striated muscle
Y: Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle
Z: Myosin essential light chain, striated adductor muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6428
ポリマ－131,0123
非ポリマー6315
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area51330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.375, 285.623, 59.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 AYZ

#1: タンパク質 Myosin heavy chain, striated muscle


分子量: 95815.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / R-LC


分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 Myosin essential light chain, striated adductor muscle / E-LC / Sulfhydryl light chain / SHLC


分子量: 17635.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P07291

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非ポリマー , 5種, 57分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, MgCl2, ADP, Na3VO4, polyethylene glycol 8K, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mMMES1droppH6.0
25 mM1dropMgCl2
330000 nMMgADP1drop
415000 nM1dropNaVO4
56-6.5 %PEG80001drop
63-3.5 %glycerol1drop
780 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月28日
放射モノクロメーター: RH-COATED WITH SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. all: 42849 / Num. obs: 42805 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1696 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 33
反射
*PLUS
Num. obs: 42849 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 32.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DFL

1dfl


解像度: 2.54→45.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2467 5.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.223 42849 --
obs0.212 41515 80.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.0872 Å2 / ksol: 0.311881 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å20 Å211.15 Å2
2---4.21 Å20 Å2
3---5.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8739 0 35 52 8826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.44
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 131 5.6 %
Rwork0.295 2209 -
obs--26.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMVD.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ADP.PARAMADP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5VD.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.44
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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