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- PDB-1quw: SOLUTION STRUCTURE OF THE THIOREDOXIN FROM BACILLUS ACIDOCALDARIUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1quw
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE THIOREDOXIN FROM BACILLUS ACIDOCALDARIUS
要素THIOREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / ALPHA/BETA OPEN-TWISTED PROTEIN / THIOL-DISULFIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMISATION
データ登録者Nicastro, G. / de Chiara, C. / Pedone, E. / Tato, M. / Rossi, M.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: NMR solution structure of a novel thioredoxin from Bacillus acidocaldarius possible determinants of protein stability.
著者: Nicastro, G. / De Chiara, C. / Pedone, E. / Tato, M. / Rossi, M. / Bartolucci, S.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1997
タイトル: Thioredoxin from Bacillus Acidocaldarius: Characterization, High-Level Expression in E. Coli and Molecular Modeling
著者: Bartolucci, S. / Guagliardi, A. / Pedone, E. / De Pascale, D. / Cannio, R. / Camardella, L. / Rossi, M. / Nicastro, G. / de Chiara, C. / Facci, P. / Mascetti, G. / Nicolini, C.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1998
タイトル: Computational Analysis of the Thermal Stability in Thioredoxins: a Molecular Dynamics Approach
著者: Pedone, E.M. / Bartolucci, S. / Rossi, M. / Saviano, M.
#3: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1999
タイトル: Prediction and Experimental Testing of the Bacillus acidocaldarius Thioredoxin Stability
著者: Pedone, E. / Cannio, R. / Saviano, M. / Rossi, M. / Bartolucci, S.
履歴
登録1999年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5851
ポリマ－11,5851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN


分子量: 11585.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
解説: BACTERIUM / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80579
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D NOESY
131TOCSY
241DQF-COSY
2512D NOESY
261TOCSY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D AND 3D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

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試料調製

詳細内容: 1.2MM RECOMBINANT THIOREDOXIN FROM BACILLUS ACIDOCALDARIUS; 50MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM BUFFER PHOSPHATE 5.8AMBIENT 300 K
250mM BUFFER PHOSPHATE 5.8AMBIENT 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR4.1VARIANcollection
FelixFELIX95HARE, D.データ解析
Discover95BIOSYM構造決定
Discover95BIOSYM精密化
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMISATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE ARE BASED ON A TOTAL OF 2276 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 99 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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