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- PDB-1qtt: SOLUTION STRUCTURE OF THE ONCOPROTEIN P13MTCP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qtt
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE ONCOPROTEIN P13MTCP1
要素PRODUCT OF THE MTCP1 ONCOGENE
キーワードGENE REGULATION / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activator activity / intracellular signal transduction / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Proto-oncogene - Oncogene Product P14tcl1 / TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein p13 MTCP-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Guignard, L. / Padilla, A. / Mispelter, J. / Yang, Y.-S. / Stern, M.-H. / Lhoste, J.-M. / Roumestand, C.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: Backbone dynamics and solution structure refinement of the 15N-labeled human oncogenic protein p13MTCP1: comparison with X-ray data.
著者: Guignard, L. / Padilla, A. / Mispelter, J. / Yang, Y.S. / Stern, M.H. / Lhoste, J.M. / Roumestand, C.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the recombinant human oncoprotein p13MTCP1
著者: Yang, Y.-S. / Guignard, L. / Padilla, A. / Hoh, F. / Strub, M.-P.
履歴
登録1999年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRODUCT OF THE MTCP1 ONCOGENE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6801
ポリマ－13,6801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 PRODUCT OF THE MTCP1 ONCOGENE


分子量: 13680.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-CELLS / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56278

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1212D NOESY
131DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 2MM P13MTCP1 U-15N; 20MM PHOSPHATE BUFFER NA;90% H2O, 10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker DMXBrukerDMX8002
Bruker AMXBrukerAMX4003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5GUNTERT構造決定
DYANA1.5GUNTERT精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1773 NOE RESTRAINTS, 80 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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