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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qs4 | ||||||
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タイトル | Core domain of HIV-1 integrase complexed with Mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2H-tetrazol-5-yl)-propenone | ||||||
![]() | PROTEIN (HIV-1 INTEGRASE (E.C.2.7.7.49)) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DNA INTEGRATION / INTEGRASE / HIV / ASPARTYL PROTEASE / ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Goldgur, Y. / Craigie, R. / Fujiwara, T. / Yoshinaga, T. / Davies, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the HIV-1 integrase catalytic domain complexed with an inhibitor: a platform for antiviral drug design. 著者: Goldgur, Y. / Craigie, R. / Cohen, G.H. / Fujiwara, T. / Yoshinaga, T. / Fujishita, T. / Sugimoto, H. / Endo, T. / Murai, H. / Davies, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16813.219 Da / 分子数: 3 / 断片: Catalytic core domain / 変異: F185K, W131E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q76353, UniProt: P12497*PLUS, RNA-directed DNA polymerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-100 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1% GLYCEROL, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Goldgur, Y., (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 95, 9150. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→38.07 Å / Num. obs: 26564 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.12 % / Biso Wilson estimate: 29.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / % possible all: 81.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % / Mean I/σ(I) obs: 2.86 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→38.07 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE / Bsol: 73.9058 Å2 / ksol: 0.3627 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.13 Å / Total num. of bins used: 25 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % reflection Rfree: 5 % |