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- PDB-1qrm: A CLOSER LOOK AT THE ACTIVE SITE OF GAMMA-CARBONIC ANHYDRASES: HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qrm
タイトルA CLOSER LOOK AT THE ACTIVE SITE OF GAMMA-CARBONIC ANHYDRASES: HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURES OF THE CARBONIC ANHYDRASE FROM METHANOSARCINA THERMOPHILA
要素CARBONIC ANHYDRASE
キーワードLYASE / BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


bicarbonate binding / sulfate binding / cobalt ion binding / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina thermophila (古細菌)
手法X線回折 / 同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Iverson, T.M. / Alber, B.E. / Kisker, C. / Ferry, J.G. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: A closer look at the active site of gamma-class carbonic anhydrases: high-resolution crystallographic studies of the carbonic anhydrase from Methanosarcina thermophila.
著者: Iverson, T.M. / Alber, B.E. / Kisker, C. / Ferry, J.G. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: A Left-Handed Beta-Helix Revealed by the Crystal Structure of the Carbonic Anhydrase from Methanosarcina Thermophila
著者: Kisker, C. / Schindelin, H. / Alber, B. / Ferry, J. / Rees, D.
履歴
登録1999年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0503
ポリマ－22,8881
非ポリマー1612
水72140
1
A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1499
ポリマ－68,6653
非ポリマー4846
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation11_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
Buried area9090 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.683, 82.683, 82.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE


分子量: 22888.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina thermophila (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40881
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
25 mMphosphate1drop
33 %PEG80001reservoir
40.1 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 14017 / Num. obs: 13667 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 51109
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: refmac
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 760 RANDOM
Rwork0.189 --
all0.194 14017 -
obs0.194 13667 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1555 0 6 40 1601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONrefmac1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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