+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qr5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF HISTIDINE CONTAINING PROTEIN (HPR) FROM STAPHYLOCOCCUS CARNOSUS | ||||||
要素 | PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus carnosus (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / RESTRAINED MD | ||||||
データ登録者 | Kalbitzer, H.R. / Gorler, A. / Li, H. / Dubovskii, P.V. / Hengstenberg, W. / Kowolik, C. / Yamada, H. / Akasaka, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: 15N and 1H NMR study of histidine containing protein (HPr) from Staphylococcus carnosus at high pressure. 著者: Kalbitzer, H.R. / Gorler, A. / Li, H. / Dubovskii, P.V. / Hengstenberg, W. / Kowolik, C. / Yamada, H. / Akasaka, K. #1: ジャーナル: Appl.Magn.Reson. / 年: 1999 タイトル: Solution Structure of the Histidine-Containing Phosphocarrier Protein from Staphylococcus Aureus 著者: Gorler, A. / Hengstenberg, W. / Kravanja, M. / Beneicke, W. / Maurer, T. / Kalbitzer, H.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qr5.cif.gz | 262.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qr5.ent.gz | 216.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qr5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qr5_validation.pdf.gz | 343.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qr5_full_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qr5_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qr5_validation.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/1qr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/1qr5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9518.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus carnosus (バクテリア) プラスミド: PT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23534 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N-LABELED PROTEIN. |
-試料調製
詳細 | 内容: 90% H2O/10 % D2O |
---|---|
試料状態 | pH: 7.14 / 温度: 298.00 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: RESTRAINED MD / ソフトェア番号: 1 詳細: RESTRAINED SIMULATED ANEALING PROTOCOL. CONSTRAINTS: 1301 NOES, 523 INTRARESIDUAL (I,I), 382 INTERMEDIATE RANGE (I,I+2), 56 INTERMEDIATE RANGE (I,I+3), 31 INTERMEDIATE RANGE (I,I+4), 224 LONG ...詳細: RESTRAINED SIMULATED ANEALING PROTOCOL. CONSTRAINTS: 1301 NOES, 523 INTRARESIDUAL (I,I), 382 INTERMEDIATE RANGE (I,I+2), 56 INTERMEDIATE RANGE (I,I+3), 31 INTERMEDIATE RANGE (I,I+4), 224 LONG RANGE (I,J; J > I+4), 78 J-COUPLINGS (3JNH-HA). STRUCTURAL STATISTICS FOR THE 30 LOWEST-ENERGY STRUCTURES (REFERENCE 1): ENERGIES: TOTAL, 190.8 +-8.4 KJ/MOL; NOE, 57.6 +- 4.6 KJ/MOL; DIHEDRAL, 35.6 +- 6.1 KJ/MOL; BOND, 8.4 +- 0.4 KJ/MOL; ANGLE, 64.0 +-2.6 KJ/MOL; VDW, 16.7 +- 2.3 KJ/MOL; IMPROPER, 8.6 +- 1.2 KJ/MOL; ELECTRIC, 35.6 +- 6.1 kJ/MOL. RMSDS: AMINO ACID 1-88 (WHOLE PROTEIN), BACKBONE ATOMS 0.093 NM, ALL NON-HYDROGEN ATOMS 0.13 NM. RMSDS: AMINO ACID 8-19 (ACTIVE CENTER), BACKBONE ATOMS 0.091 NM, ALL NON-HYDROGEN ATOMS 0.13 NM. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST CONFORMATIONAL ENERGY 計算したコンフォーマーの数: 2300 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |