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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qqn | ||||||
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タイトル | D206S MUTANT OF BOVINE 70 KILODALTON HEAT SHOCK PROTEIN | ||||||
![]() | D206S MUTANT OF BOVINE 70 KILODALTON HEAT SHOCK PROTEIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (ACTING ON ACID ANHYDRIDES) / MOLECULAR CHAPERONE / ATPASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / clathrin coat disassembly / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / : / Prp19 complex / heat shock protein binding / protein folding chaperone / RNA splicing / spliceosomal complex / ATP-dependent protein folding chaperone / mRNA processing / melanosome / presynapse / protein refolding / protein-macromolecule adaptor activity / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Johnson, E.R. / McKay, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping the role of active site residues for transducing an ATP-induced conformational change in the bovine 70-kDa heat shock cognate protein. 著者: Johnson, E.R. / McKay, D.B. #1: ![]() タイトル: Structural Basis of the 70-Kilodalton Heat Shock Cognate Protein ATP Hydrolytic Activity 著者: Flaherty, K.M. / Wilbanks, S.M. / Deluca-Flaherty, C. / Mckay, D.B. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the ATPase Fragment of a 70K Heat-Shock Cognate Protein 著者: Flaherty, K.M. / Deluca-Flaherty, C. / Mckay, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41129.305 Da / 分子数: 1 / 断片: HSC70 ATPASE FRAGMENT / 変異: D206S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 422分子 










#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: POLYETHYLENE GLYCOL 8000, POTASSIUM CHLORIDE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 30514 / Num. obs: 30514 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / % possible all: 72.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 91772 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.9 % / Num. unique obs: 4186 / Num. measured obs: 11127 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 373843.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER, HENDRICKSON W.A. AND KONNERT J.H. 詳細: BIJVOET PAIRS WERE TREATED SEPARATELY IN REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.29 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.27 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor Rwork: 0.253 / Rfactor obs: 0.253 |