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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qqb | ||||||
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タイトル | PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / REPRESSOR / PURINE BIOSYNTHESIS / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / GENE REGULATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Glasfeld, A. / Koehler, A.N. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: The role of lysine 55 in determining the specificity of the purine repressor for its operators through minor groove interactions. 著者: Glasfeld, A. / Koehler, A.N. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of LacI Member, PurR, Bound to DNA: Minor Groove Binding by Alpha Helices 著者: Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qqb.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qqb.ent.gz | 66 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/1qqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/1qqb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38033.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PURR / プラスミド: PDNA100\:K55A / 遺伝子 (発現宿主): PURR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P0ACP7 |
#3: 化合物 | ChemComp-HPA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, (NH4)3PO4, (NH4)2SO4, [CO(NH3)6]CL3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 18270 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rsym value: 0.0449 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.93 Å / 冗長度: 1.1 % / % possible all: 74.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 64008 / Rmerge(I) obs: 0.0449 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→10 Å / σ(I): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
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拘束条件 |
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