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- PDB-1qps: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A POST-REACTIVE COGNATE DNA-ECO RI COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qps
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A POST-REACTIVE COGNATE DNA-ECO RI COMPLEX AT 2.50 A IN THE PRESENCE OF MN2+ ION
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
  • ENDONUCLEASE ECORI
キーワードHYDROLASE/DNA / ENZYME / RESTRICTION ENDONCULEASE / PROTEIN / DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRI / Restriction endonuclease, type II, EcoRI, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRI / ECO RI Endonuclease; Chain A / Eco RI Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, EcoRI/MunI / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Type II restriction enzyme EcoRI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Horvath, M. / Choi, J. / Kim, Y. / Wilkosz, P. / Rosenberg, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Integration of Recognition and Cleavage: X-Ray Structures of Pre- Transition State and Post-Reactive DNA-Eco RI Endonuclease Complexes
著者: Horvath, M.M. / Choi, J. / Kim, Y. / Wilkosz, P. / Rosenberg, J.M.
履歴
登録1999年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年1月11日Group: Other
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
N: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
A: ENDONUCLEASE ECORI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1504
ポリマ－33,0953
非ポリマー551
水79344
1
M: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
N: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
A: ENDONUCLEASE ECORI
ヘテロ分子

M: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
N: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'
A: ENDONUCLEASE ECORI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2998
ポリマ－66,1906
非ポリマー1102
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.4, 118.4, 49.7
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number150
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP321

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'


分子量: 1496.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RECOGNITION SEQUENCE
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*)-3'


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RECOGNITION SEQUENCE
#3: タンパク質 ENDONUCLEASE ECORI / TYPE II RESTRICTION ENZYME ECORI / R.ECORI


分子量: 29172.166 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 17-277 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00642
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: MN ION WAS SOAKED INTO PRE-REACTIVE PROTEIN-DNA COCRYSTALS AND DNA CLEAVAGE OCCURED IN-CRYSTALLO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 4K
溶液の組成名称: MN

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 14659 / Num. obs: 8653 / % possible obs: 59 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.083 / % possible all: 13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER PARAMETERS FOR PROTEIN; BERMAN PARAMETERS FOR DNA
Rfactor反射数
all0.177 -
obs-7596
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 264 1 44 2360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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