[日本語] English
万見
- PDB-1qox: Beta-glucosidase from Bacillus circulans sp. alkalophilus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qox
タイトルBeta-glucosidase from Bacillus circulans sp. alkalophilus
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACILLUS CIRCULANS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Crystal Structure of Beta-Glucosidase from Bacillus Circulans Sp. Alkalophilus: Ability to Form Long Polymeric Assemblies
著者: Hakulinen, N. / Paavilainen, S. / Korpela, T. / Rouvinen, J.
履歴
登録1999年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "B" IN EACH CHAIN (E.G. SHEET AB IN CHAIN ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "B" IN EACH CHAIN (E.G. SHEET AB IN CHAIN A) ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
C: BETA-GLUCOSIDASE
D: BETA-GLUCOSIDASE
E: BETA-GLUCOSIDASE
F: BETA-GLUCOSIDASE
G: BETA-GLUCOSIDASE
H: BETA-GLUCOSIDASE
I: BETA-GLUCOSIDASE
J: BETA-GLUCOSIDASE
K: BETA-GLUCOSIDASE
L: BETA-GLUCOSIDASE
M: BETA-GLUCOSIDASE
N: BETA-GLUCOSIDASE
O: BETA-GLUCOSIDASE
P: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)819,56016
ポリマ－819,56016
非ポリマー00
水44,1012448
1
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
C: BETA-GLUCOSIDASE
D: BETA-GLUCOSIDASE
E: BETA-GLUCOSIDASE
F: BETA-GLUCOSIDASE
G: BETA-GLUCOSIDASE
H: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,7808
ポリマ－409,7808
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
I: BETA-GLUCOSIDASE
J: BETA-GLUCOSIDASE
K: BETA-GLUCOSIDASE
L: BETA-GLUCOSIDASE
M: BETA-GLUCOSIDASE
N: BETA-GLUCOSIDASE
O: BETA-GLUCOSIDASE
P: BETA-GLUCOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,7808
ポリマ－409,7808
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.400, 122.300, 163.200
Angle α, β, γ (deg.)89.30, 74.30, 68.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.005, -0.8308, 0.5565), (0.8437, 0.2952, 0.4483), (-0.5367, 0.4718, 0.6995)0.058, -0.033, 0.208
2given(-1, 0.0051, 0.0037), (0.0012, -0.4134, 0.91), (0.0061, 0.9105, 0.4134)0.203, 0.139, -0.162
3given(-0.0035, 0.8409, -0.5412), (-0.8391, 0.292, 0.459), (0.544, 0.4557, 0.7046)-0.189, 0.403, -0.328
4given(0.9833, -0.1594, 0.0875), (-0.16, -0.9871, 0.0006), (0.0863, -0.0146, -0.9962)-0.043, 0.084, -0.027
5given(-0.1802, -0.8211, 0.5416), (-0.8259, -0.1728, -0.5367), (0.5343, -0.544, -0.647)-0.031, 0.65, 0.138
6given(-0.9848, 0.1451, -0.0955), (0.147, 0.4033, -0.9032), (-0.0925, -0.9035, -0.4185)0.256, 0.088, 0.43
7given(0.1731, 0.8197, -0.546), (0.8236, -0.4245, -0.3761), (-0.5401, -0.3846, -0.7486)-0.119, 0.018, 0.244
8given(-0.6165, 0.6619, -0.4264), (-0.6493, -0.1211, 0.7508), (0.4453, 0.7398, 0.5045)0.849, 52.27, 80.28
9given(0.7953, 0.5122, -0.3242), (-0.5135, 0.8535, 0.0885), (0.3221, 0.0961, 0.9418)0.593, 52.062, 79.911
10given(0.6176, -0.6508, 0.4415), (0.6625, 0.7331, 0.154), (-0.4239, 0.1974, 0.8839)0.853, 51.716, 80.38
11given(-0.7901, -0.5076, 0.3437), (0.5175, -0.2516, 0.8179), (-0.3287, 0.824, 0.4615)1.266, 51.769, 80.355
12given(-0.7475, -0.56, 0.3574), (-0.5505, 0.2212, -0.805), (0.3717, -0.7985, -0.4736)0.933, 52.378, 80.6
13given(-0.6684, 0.6208, -0.4097), (0.6235, 0.1672, -0.7638), (-0.4056, -0.7659, -0.4988)0.99, 51.782, 80.794
14given(0.7454, 0.5512, -0.375), (0.5546, -0.8248, -0.1101), (-0.37, -0.1259, -0.92)0.609, 52.018, 80.535
15given(0.6691, -0.6298, 0.3945), (-0.6325, -0.7613, -0.1426), (0.3902, -0.1541, -0.9077)0.614, 52.221, 80.263

-
要素

#1: タンパク質
BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 51222.477 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS CIRCULANS (バクテリア) / 株: ALKALOPHILUS / 参照: UniProt: Q03506, beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 6
詳細: 13 % PEG8000, 0.3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 6.0
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
313 %PEG80001reservoir
40.3 Msodium formate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir
2Tris(tris(hydroxymethyl)aminomethane)1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→99 Å / Num. obs: 186165 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 1.63 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.69→2.78 Å / 冗長度: 1.47 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 66
反射
*PLUS
Num. measured all: 303163 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66 % / Rmerge(I) obs: 0.322

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BGA

1bga


解像度: 2.7→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.255 --
obs0.255 167801 84 %
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数57856 0 0 2448 60304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.656
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.908
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.65
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.908

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る