#1: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1998 タイトル: A Structural Model of Picornaviral Leader Proteinases Based on Papain and Bleomycin Hydrolase 著者: Skern, T. / Fita, I. / Guarne, A.
履歴
登録
1999年11月13日
登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0
2000年11月10日
Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1
2011年5月8日
Group: Version format compliance
改定 1.2
2011年7月13日
Group: Version format compliance
改定 1.3
2019年7月24日
Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
THE SWISSPROT ENTRY POLG_FMDVO REFERS TO A GENOME POLYPROTEIN, AND THE PROTEASE (EC 3.4.22.-) ...THE SWISSPROT ENTRY POLG_FMDVO REFERS TO A GENOME POLYPROTEIN, AND THE PROTEASE (EC 3.4.22.-) LISTED IS FOR THE RESIDUES 1650 TO 1862. THE PROTEASE STUDIED HERE WAS FOUND IN THE RESIDUES 29 TO 195 THAT ARE LISTED IN SWISSPROT AS A NONSTRUCTURAL PROTEIN P20A.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化
pH: 8.5 詳細: 10% PEG 6000, 0.8 M MG CHLORIDE, 0.1 M TRIS/HCL PH=8.5, pH 8.50
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.8469 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3→34.7 Å / Num. obs: 35080 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / Rsym value: 0.01 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度: 3→3.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 74.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.263
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
0.9
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
AMoRE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2758596.51 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: NATIVE PATTERSON MAP PRESENT A PSEUDO-ORIGEN PEAK AT POSITION (0.5,0.5,0.225). THIS PEAK CORRESPONDS A PURE TRANSLATION THAT RELATES FOUR MOLECULES OF THE A.S.U. WITH THE OTHER FOUR