+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qnz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of the 0.5b anti-HIV antibody complex with the gp120 V3 peptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / V3 PEPTIDE / BINDING SITE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / viral envelope / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
Model type details | MINIMIZED AVERAGE | ||||||
データ登録者 | Tugarinov, V. / Zvi, A. / Levy, R. / Hayek, Y. / Matsushita, S. / Anglister, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: NMR Structure of an Anti-Gp120 Antibody Complex with a V3 Peptide Reveals a Surface Important for Co-Receptor Binding 著者: Tugarinov, V. / Zvi, A. / Levy, R. / Hayek, Y. / Matsushita, S. / Anglister, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qnz.cif.gz | 83.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qnz.ent.gz | 68.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qnz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qnz_validation.pdf.gz | 342.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qnz_full_validation.pdf.gz | 349.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qnz_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qnz_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13323.770 Da / 分子数: 1 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01750*PLUS |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 12267.469 Da / 分子数: 1 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01665 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2017.406 Da / 分子数: 1 / 断片: V3 PEPTIDE / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q79416 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|---|
NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED BY ALLOWING THE CDRS OF THE 0.5B ANTIBODY AND THE V3 PEPTIDE RESIDUES TO MOVE WHILE THE FRAMEWORK OF THE ANTIBODY WAS MODELED AS DESCRIBED. |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 10 mM sodium phosphate buffer mM / pH: 7.15 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K |
---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED ALLOWING THE ANTIBODY CDR RESIDUES AND THE COMPLEXED V3 PEPTIDE RESIDUES TO MOVE, WHILE THE ANTIBODY FRAMEWORK WAS HELD FIXED DURING REFINEMENT AND ...詳細: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED ALLOWING THE ANTIBODY CDR RESIDUES AND THE COMPLEXED V3 PEPTIDE RESIDUES TO MOVE, WHILE THE ANTIBODY FRAMEWORK WAS HELD FIXED DURING REFINEMENT AND MODELED AS DESCRIBED PREVIOUSLY | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |