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万見
- PDB-1qnn: Cambialistic superoxide dismutase from Porphyromonas gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnn
タイトルCambialistic superoxide dismutase from Porphyromonas gingivalis
要素SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Mn/Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種PORPHYROMONAS GINGIVALIS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sugio, S. / Hiraoka, B.Y. / Yamakura, F.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Cambialistic Superoxide Dismutase from Porphyromonas Gingivalis
著者: Sugio, S. / Hiraoka, B.Y. / Yamakura, F.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Inactivation and Destruction of Conserved Trp159 of Fe-Superoxide Dismutase from Porphyromonas Gingivalis by Hydrogen Peroxide
著者: Yamakura, F. / Rardin, R.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Hiraoka, B.Y. / Nakayama, K. / Fujimura, T. / Taka, H. / Murayama, K.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: The Primary Structure of Superoxide Dismutase Purified from Anaerobically Maintained Bacteroides Gingivalis
著者: Amano, A. / Shizukuishi, S. / Tsunemitsu, A. / Maekawa, K. / Tsunemitsu, S.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1990
タイトル: Characterization of Superoxide Dismutase Purified from Either Anaerobically Maintained or Aerated Bacteroides Gingivalis
著者: Amano, A. / Shizukuishi, S. / Tamagawa, H. / Iwakura, K. / Tsunasawa, S. / Tsunemitsu, S.
履歴
登録1999年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.62019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.72023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
C: SUPEROXIDE DISMUTASE
D: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3368
ポリマ－86,1134
非ポリマー2234
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area38150 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.470, 102.660, 99.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.25611, -0.14686, -0.95543), (-0.14806, -0.98269, 0.11136), (-0.95524, 0.11294, -0.27342)89.17615, 112.99615, 100.2589
2given(-0.10262, -0.14021, 0.98479), (-0.13738, -0.97853, -0.15363), (0.98519, -0.15106, 0.08115)2.8558, 103.851, 18.22559
3given(-0.94388, 0.27076, 0.18916), (0.26912, 0.96248, -0.03482), (-0.19149, 0.01804, -0.98133)57.08716, 14.4361, 106.03601

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要素

#1: タンパク質
SUPEROXIDE DISMUTASE / FE/MN-SOD


分子量: 21528.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: EACH CHAIN CONTAINS ONE METAL ION (FE3+\:MN3+=3\:1).
由来: (組換発現) PORPHYROMONAS GINGIVALIS (バクテリア)
プラスミド: PKD210 / 遺伝子 (発現宿主): SOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): QC774 / 参照: UniProt: P19665, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: SOLUTION CONTAINING 6-9MG/ML PROTEIN AND 10MM TRIS/HCL (PH7.8) WERE USED FOR CRYSTALLIZATION. CRYSTALS WERE GROWN FROM HANGING DROPS SUSPENDED OVER A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100MM ...詳細: SOLUTION CONTAINING 6-9MG/ML PROTEIN AND 10MM TRIS/HCL (PH7.8) WERE USED FOR CRYSTALLIZATION. CRYSTALS WERE GROWN FROM HANGING DROPS SUSPENDED OVER A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100MM POTASSIUM PHOSPHATE (PH5.8) AND 26-31% PEG4000 AT 293K WITHIN A FEW WEEKS., pH 5.80
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-9 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mMpotassium phosphate1reservoir
426-31 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月29日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→99.4 Å / Num. obs: 64134 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.64 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 68.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ISA

1isa


解像度: 1.8→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: A RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTS AND BULK SOLVENT CORRECTION WERE APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1927 3 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 63443 87.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6096 0 4 436 6536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.9991.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5722
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5732
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.3372.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 207 3.3 %
Rwork0.306 5976 -
obs--69.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2EXTRA.PAREXTRA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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