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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qnl | ||||||
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タイトル | AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR OF THE AMIDASE OPERON OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA (AMIC) COMPLEXED WITH BUTYRAMIDE | ||||||
![]() | ALIPHATIC AMIDASE EXPRESSION-REGULATING PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BINDING PROTEIN / GENE REGULATOR / RECEPTOR / KINASE / REPRESSOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() amide binding / regulation of amide catabolic process / amino acid transport / kinase activity / phosphorylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. / Roe, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Adaptation to Selective Pressure for Altered Ligand Specificity in the Pseudomonas Aeruginosa Amide Receptor, Amic 著者: O'Hara, B.P. / Wilson, S.A. / Lee, A.W.L. / Roe, S.M. / Siligardi, G. / Drew, R.E. / Pearl, L.H. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Amic: The Controller of Transcription Antitermination in the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa 著者: Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. / Drew, R.E. / Wilson, S.A. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: Antitermination of Amidase Expression in Pseudomonas Aeruginosa is Controlled by a Novel Cytoplasmic Amide- Binding Protein 著者: Wilson, S.A. / Wachira, S.J. / Drew, R.E. / Jones, D. / Pearl, L.H. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Data for the Negative Regulator (Amic) of the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa 著者: Wilson, S.A. / Chayen, N.E. / Hemmings, A.M. / Drew, R.E. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1peaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42973.027 Da / 分子数: 1 / 断片: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR, RESIDUES 7-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BUTYRAMIDE COMPLEX / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BMD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SWISSPROT HAS THE WRONG SEQUENCE, STRUCTURE IS CORRECT. GLN 27 UNP P27017 HIS 26 ARG 28 UNP P27017 ALA 27 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: MICROBATCH CRYSTALLISATION. WELLS CONTAIN 12.8MG/ML PAC181-AMIC, 5MM BUTYRAMIDE, 1.36M NA CITRATE, 100MM HEPES-NAOH PH7.5, pH 7.00 |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Chayen, N.E., (1992) J. Crystal Growth, 122, 176. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→38 Å / Num. obs: 10389 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PEA 解像度: 2.7→15 Å / SU B: 16.04 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.47 詳細: RESIDUES 2 - 7, 40 - 50, 222 - 226, 347 - 349 AND 376 - 385 IN THIS MOLECULE ARE NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE PRESUMED TO BE DISORDERED. THERE ARE ALSO A FEW OTHER RESIDUES ...詳細: RESIDUES 2 - 7, 40 - 50, 222 - 226, 347 - 349 AND 376 - 385 IN THIS MOLECULE ARE NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE PRESUMED TO BE DISORDERED. THERE ARE ALSO A FEW OTHER RESIDUES THAT COULD NOT BE SATISFACTORILY REFINED, NAMELY: 37, 68, 72, 74, 137, 165, 194, 195, 261, 307, 318, 319, 328, 359. SOME OF THIS ARE MISSING MAIN CHAIN AS WELL AS SIDE CHAIN ATOMS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |