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- PDB-1qmv: thioredoxin peroxidase B from red blood cells -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qmv
タイトルthioredoxin peroxidase B from red blood cells
要素PEROXIREDOXIN-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / SULPHINIC ACID / THIOREDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / T cell homeostasis ...respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / T cell homeostasis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of blood coagulation / T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / thymus development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Lebedev, A.A. / Errington, N. / Vagin, A.A. / Schroder, E.
引用
ジャーナル: Structure / : 2000
タイトル: Crystal Structure of Decameric 2-Cys Peroxiredoxin from Human Erythrocytes at 1.7 A Resolution.
著者: Schroder, E. / Littlechild, J.A. / Lebedev, A.A. / Errington, N. / Vagin, A.A. / Isupov, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 1999
タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of Human Thioredoxin Peroxidase B from Red Blood Cells
著者: Schroder, E. / Isupov, M.N. / Naran, A. / Littlechild, J.A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / : 1998
タイトル: Evidence that Peroxiredoxins are Novel Members of the Thioredoxin Fold Superfamily
著者: Schroder, E. / Ponting, C.P.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / : 1998
タイトル: Porcine Natural Killer Enhancing Factor-B: Oligomerization and Identification as a Calpain Substrate in-Vitro
著者: Schroder, E. / Willis, A.C. / Ponting, C.P.
履歴
登録1999年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年10月22日Group: Database references / Other
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIREDOXIN-2
B: PEROXIREDOXIN-2
C: PEROXIREDOXIN-2
D: PEROXIREDOXIN-2
E: PEROXIREDOXIN-2
F: PEROXIREDOXIN-2
G: PEROXIREDOXIN-2
H: PEROXIREDOXIN-2
I: PEROXIREDOXIN-2
J: PEROXIREDOXIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,62710
ポリマ-218,62710
非ポリマー00
39,5252194
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28180 Å2
ΔGint-184.5 kcal/mol
Surface area70240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.880, 107.030, 119.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.02487, -0.49699, 0.8674), (-0.48537, -0.75254, -0.44509), (0.87396, -0.43208, -0.2225)-47.28796, 23.68375, 66.40012
2given(0.45736, 0.24239, -0.85561), (0.33504, 0.84427, 0.41827), (0.82375, -0.47797, 0.30493)48.09451, -22.24361, 36.8665
3given(-0.88075, -0.0263, 0.47285), (-0.05844, -0.98479, -0.16361), (0.46997, -0.17173, 0.86582)-23.84083, 8.51847, 6.61718
4given(0.49232, 0.36289, 0.79116), (0.24977, 0.81182, -0.52779), (-0.83381, 0.45745, 0.30904)-42.63705, 29.35084, 38.57346
5given(0.49895, -0.8601, 0.1062), (-0.86306, -0.50426, -0.02912), (0.0786, -0.07713, -0.99392)-6.14907, 1.89981, 108.705
6given(-0.3892, 0.73123, -0.5602), (0.78609, 0.58068, 0.21182), (0.48019, -0.35793, -0.80082)32.80054, -10.84413, 97.23035
7given(-0.83117, -0.10913, -0.5452), (-0.12928, -0.91574, 0.38039), (-0.54077, 0.38665, 0.74704)31.90295, -20.12766, 13.62314
8given(-0.33979, 0.81446, 0.47031), (0.76427, 0.53055, -0.3666), (-0.54812, 0.23488, -0.80275)-24.78926, 19.57494, 98.82507
9given(0.02141, -0.65561, -0.7548), (-0.60353, -0.61037, 0.51303), (-0.79705, 0.44456, -0.40874)41.22491, -28.4704, 77.49481

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要素

#1: タンパク質
PEROXIREDOXIN-2 / NATURAL KILLER CELL-ENHANCING FACTOR B / NKEF-B / PRP / THIOL-SPECIFIC ANTIOXIDANT PROTEIN / TSA / ...NATURAL KILLER CELL-ENHANCING FACTOR B / NKEF-B / PRP / THIOL-SPECIFIC ANTIOXIDANT PROTEIN / TSA / THIOREDOXIN PEROXIDASE 1 / THIOREDOXIN PEROXIDASE-B / THIOREDOXIN-DEPENDENT PEROXIDE REDUCTASE 1 / 2-CYS PEROXIREDOXIN / CALPROMOTIN


分子量: 21862.715 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ONE MONTH OLD BLOOD / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BLOOD / 参照: UniProt: P32119, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2194 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 16 % (V/V) PEG 400, 100 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 10 % (V/V) 2-PROPANOL, 10 MM DITHIOERYTHREITOL
結晶化
*PLUS
温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
35 mMEDTA1drop
410 mMdithiothreitol1drop
516 %(v/v)PEG4001reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoir
710 %(v/v)2-propanol1reservoir
810 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 228010 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 93.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PRX
解像度: 1.7→20 Å / SU B: 2.67 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1106 / ESU R Free: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 2287 1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs-225682 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.341 Å20 Å2-1.201 Å2
2--18.791 Å20 Å2
3----11.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15440 0 0 2194 17634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.4674
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.0716
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.6758
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.84910
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0220.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1460.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2460.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1220.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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