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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qmv | ||||||
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タイトル | thioredoxin peroxidase B from red blood cells | ||||||
要素 | PEROXIREDOXIN-2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SULPHINIC ACID / THIOREDOXIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / T cell homeostasis ...respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / T cell homeostasis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of blood coagulation / T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / thymus development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Lebedev, A.A. / Errington, N. / Vagin, A.A. / Schroder, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of Decameric 2-Cys Peroxiredoxin from Human Erythrocytes at 1.7 A Resolution. 著者: Schroder, E. / Littlechild, J.A. / Lebedev, A.A. / Errington, N. / Vagin, A.A. / Isupov, M.N. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of Human Thioredoxin Peroxidase B from Red Blood Cells 著者: Schroder, E. / Isupov, M.N. / Naran, A. / Littlechild, J.A. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Evidence that Peroxiredoxins are Novel Members of the Thioredoxin Fold Superfamily 著者: Schroder, E. / Ponting, C.P. #3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1998 タイトル: Porcine Natural Killer Enhancing Factor-B: Oligomerization and Identification as a Calpain Substrate in-Vitro 著者: Schroder, E. / Willis, A.C. / Ponting, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qmv.cif.gz | 425.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qmv.ent.gz | 352.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qmv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qmv_validation.pdf.gz | 482 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qmv_full_validation.pdf.gz | 507.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qmv_validation.xml.gz | 99.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qmv_validation.cif.gz | 139.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qmv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1prxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21862.715 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ONE MONTH OLD BLOOD / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BLOOD / 参照: UniProt: P32119, peroxiredoxin #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 16 % (V/V) PEG 400, 100 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 10 % (V/V) 2-PROPANOL, 10 MM DITHIOERYTHREITOL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9076 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 228010 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 93.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PRX 解像度: 1.7→20 Å / SU B: 2.67 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1106 / ESU R Free: 0.122
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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