+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qmt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Recombinant Human Eosinophil Cationic Protein | ||||||
![]() | EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() induction of bacterial agglutination / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boix, E. / Leonidas, D.D. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Eosinophil Cationic Protein at 2.4 A Resolution 著者: Boix, E. / Leonidas, D.D. / Nikolovski, Z. / Nogues, M.V. / Cuchillo, C.M. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER |
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 15730.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
配列の詳細 | SEQUENCE FOR 1QMT PDB CORRESPONDS TO RECOMBINANT HUMAN ECP. IT INCLUDES THE COMPLETE NATIVE PROTEIN ...SEQUENCE FOR 1QMT PDB CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 6916 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 65 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 34137 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: EOSINOPHIL DERIVED NEUROTOXIN STRUCTURE AT 1.8 ANGSTROMS (COORDINATES NOT SUBMITTED) WAS PROVIDED BY S.MOSIMANN AND M.N.G.JAMES AND USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT. 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|