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- PDB-1qmf: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X) ACYL-ENZYME COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qmf
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X) ACYL-ENZYME COMPLEX
要素PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X
キーワードCELL CYCLE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CES / CEFUROXIME (OCT-3-ENE FORM) / Penicillin-binding protein 2x
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gordon, E.J. / Mouz, N. / Duee, E. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Crystal Structure of the Penicillin Binding Protein 2X from Streptococcus Pneumoniae and its Acyl-Enzyme Form: Implication in Drug Resistance
著者: Gordon, E.J. / Mouz, N. / Duee, E. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of Streptococcus Pneumoniae Pbp2X, a Primary Penicillin Target Enzyme
著者: Pares, S. / Mouz, N. / Petillot, Y. / Hakenbeck, R. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of a Genetically Engineered Water-Soluble Primary Penicillin Target Enzyme. The High Molecular Mass Pbp2X of Streptococcus Pneumoniae
著者: Charlier, P. / Buisson, G. / Dideberg, O. / Wierenga, J. / Keck, W. / Laible, G. / Hakenbeck, R.
履歴
登録1999年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6163
ポリマ－76,8081
非ポリマー8082
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.910, 129.910, 139.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X / PBP-2X / PBP2X


分子量: 76807.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH CEFUROXIME ANTIBIOTIC
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: PBP2X / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P14677
#2: 化合物 ChemComp-CES / 2-[CARBOXY-(2-FURAN-2-YL-2-METHOXYIMINO-ACETYLAMINO)-METHYL]-5-METHYL-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID / CEFUROXIME (INHIBITION FORM)


分子量: 383.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N3O7S
#3: 化合物 ChemComp-KEF / CEFUROXIME (OCT-3-ENE FORM) / (6R,7R)-3-CARBAMOYLOXYMETHYL-7-[2-(2-FURYL)-2-(METHOXYIMINO)ACETAMIDO]-8-OXO-5-THIA-1-AZABICYCLO[4.2.0]OCT-3-ENE-2-CARB OXYLIC ACID / (6R,7R)-3-CARBAMOYLOXYMETHYL-7-[2-(2-FURYL)-2-(METHOXYIMINO)ACETAMIDO] CEPH-3-EM-4-CARBOXYLIC ACID


分子量: 424.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N4O8S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化pH: 4.5
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.5, 1.0-1.3M AMMONIUM SULFATE
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
350 mM1dropNaCl
40.1 Msodium acetate1reservoir
51.0-1.3 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月15日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 29276 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.508 / % possible all: 92
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 92.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO ENZYME

解像度: 2.8→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2313146.29 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. MEMBRANE ANCHOR HAS BEEN DELETED FROM CONSTRUCT. PROTEIN CRYSTALLISED CORRESPONDS TO RESIDUES 49-750. ALSO, RESIDUES 93-182, 233- 253, 621-631 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2916 10 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 29276 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.1677 Å2 / ksol: 0.317581 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.236 Å20 Å20 Å2
2--10.236 Å20 Å2
3----20.472 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4262 0 54 57 4373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.63
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 462 10.2 %
Rwork0.341 4067 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noTopol fileParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.TOPBOTH_8OCT99.PAR
X-RAY DIFFRACTION3ION.TOPPROTEIN.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4BOTH_8OCT99.TOPWATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.63
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38 / Rfactor obs: 0.341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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