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- PDB-1qma: Nuclear Transport Factor 2 (NTF2) W7A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qma
タイトルNuclear Transport Factor 2 (NTF2) W7A mutant
要素NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
キーワードTRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / nucleocytoplasmic transport / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus ...negative regulation of vascular endothelial growth factor production / protein localization to nuclear pore / nuclear pore central transport channel / structural constituent of nuclear pore / nuclear outer membrane / nucleocytoplasmic transport / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / protein export from nucleus / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / nuclear membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear transport factor 2/Mtr2 / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear transport factor 2 / Nuclear transport factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bayliss, R. / Ribbeck, K. / Akin, D. / Kent, H.M. / Feldherr, C.M. / Gorlich, D. / Stewart, M.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Interaction Betweeen Ntf2 and Xfxfg-Containing Nucleoporins is Required to Mediate Nuclear Import of Ran-Gdp
著者: Bayliss, R. / Ribbeck, K. / Akin, D. / Kent, H.M. / Feldherr, C.M. / Gorlich, D. / Stewart, M.J.
履歴
登録1999年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
B: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
C: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
D: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9804
ポリマ－56,9804
非ポリマー00
水1,51384
1
A: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
B: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4902
ポリマ－28,4902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-27.2 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PQS
2
C: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
D: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4902
ポリマ－28,4902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-25.4 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.652, 75.407, 64.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.42188, 0.00021, -0.90665), (0.00023, -1, -0.00013), (-0.90665, -0.00015, -0.42188)18.64296, 34.0858, 29.27585
2given(0.42467, -0.00066, -0.90535), (-0.0006, -1, 0.00045), (-0.90535, 0.00036, -0.42467)18.56357, 34.08558, 29.30314
詳細BIOLOGICAL_UNIT: DIMERIC

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要素

#1: タンパク質
NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 / NTF2 / PLACENTAL PROTEIN 15 / PP15


分子量: 14245.100 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: LIVER / プラスミド: PET VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13662, UniProt: P61972*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 mg/mlprotein1drop
21.32 Mammonium sulfate1reservoir
33 %(v/v)isopropanol1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→22.7 Å / Num. obs: 18928 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 91.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 65817
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OUN

1oun


解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 -5 %
Rwork0.208 --
obs-16569 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3970 0 0 84 4054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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