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万見
- PDB-1qlr: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF A HUMAN MONOCLONAL IgM C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qlr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF A HUMAN MONOCLONAL IgM COLD AGGLUTININ
要素
  • IGM FAB REGION IV-J(H4)-C (KAU COLD AGGLUTININ)
  • IGM KAPPA CHAIN V-III (KAU COLD AGGLUTININ)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / AUTOANTIBODY / COLD AGGLUTININ / HUMAN IGM FAB FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / IGK@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Carvalho, J.G. / Cauerhff, A. / Goldbaum, F. / Leoni, J. / Polikarpov, I.
引用
ジャーナル: J Immunol. / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structure of the Fab from a human IgM cold agglutinin.
著者: Cauerhff, A. / Braden, B.C. / Carvalho, J.G. / Aparicio, R. / Polikarpov, I. / Leoni, J. / Goldbaum, F.A.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of a Human Fabm with Anti-I Activity
著者: Cauerhff, A. / Polikarpov, I. / Mathov, I. / Abatangelo, C. / Plotkin, L. / Goldbaum, F.A. / Leoni, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: The Primary Structure of the Fab Fragment of Protein Kau, a Monoclonal Immunoglobulin M Cold Agglutinin
著者: Leoni, J. / Ghiso, J. / Goni, F. / Frangione, B.
履歴
登録1999年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年8月11日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGM KAPPA CHAIN V-III (KAU COLD AGGLUTININ)
B: IGM FAB REGION IV-J(H4)-C (KAU COLD AGGLUTININ)
C: IGM KAPPA CHAIN V-III (KAU COLD AGGLUTININ)
D: IGM FAB REGION IV-J(H4)-C (KAU COLD AGGLUTININ)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7206
ポリマ－96,9864
非ポリマー7352
水00
1
A: IGM KAPPA CHAIN V-III (KAU COLD AGGLUTININ)
B: IGM FAB REGION IV-J(H4)-C (KAU COLD AGGLUTININ)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8603
ポリマ－48,4932
非ポリマー3671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: IGM KAPPA CHAIN V-III (KAU COLD AGGLUTININ)
D: IGM FAB REGION IV-J(H4)-C (KAU COLD AGGLUTININ)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8603
ポリマ－48,4932
非ポリマー3671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.660, 115.660, 174.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.4815, 0.8763, 0.0152), (0.8759, -0.4806, -0.0428), (-0.0302, 0.0339, -0.999)-60.117, 101.9889, 141.5782
2given(0.4813, 0.876, 0.0329), (0.8764, -0.4802, -0.0365), (-0.0162, 0.0464, -0.9988)-62.0757, 101.3965, 140.93381

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要素

#1: 抗体 IGM KAPPA CHAIN V-III (KAU COLD AGGLUTININ)


分子量: 23301.770 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB FRAGMENT WAS PREPARED BY DIGESTION OF MONOCLONAL IGM KAU PURIFIED FROM PATIENT WITH AIHA.
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 参照: PIR: A23746, UniProt: Q6PJF2*PLUS
#2: 抗体 IGM FAB REGION IV-J(H4)-C (KAU COLD AGGLUTININ)


分子量: 25191.094 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB FRAGMENT WAS PREPARED BY DIGESTION OF MONOCLONAL IGM KAU PURIFIED FROM PATIENT WITH AIHA.
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 参照: PIR: B23746
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN J.LEONI,J.GHISO,F.GONI,B.FRANGIONE, J.BIOL.CHEM. 1991 V.266 2836-42 ...THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN J.LEONI,J.GHISO,F.GONI,B.FRANGIONE, J.BIOL.CHEM. 1991 V.266 2836-42 THE CYS TO GLY CONFLICTS DETAILED IN SEQADV ARE DIFFERENCES BETWEEN THE PIR AND THE ELECTRON DENSITY. THE OBSERVED CYS RESIDUES ARE CHARACTERISTIC OF THE FAB IMMUNOGLOBULIN FOLD

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 14%(W/W) PEG 8000, 0.1 M SODIUM HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Cauerhff, A., (1998) Protein Pept.Lett., 5, 177.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
214 %(w/w)PEG80001reservoir
30.1 Msodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→13.1 Å / Num. obs: 31329 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.83→2.89 Å / % possible all: 95.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DFB

1dfb


解像度: 2.83→13.1 Å / SU B: 12.46 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.84 / ESU R Free: 0.36
詳細: RESIDUES B,D 135 - 143, B,D 195 - 201, B,D 226 - 232, WERE NOT MODELED DUE TO LACK OF ELETRONIC DENSIT MAP. THE CONFORMATION OF RESIDUES B,D 202 - 204 SHOULD BE CONSIDERED AS A TENTATIVE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1578 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs-31329 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→13.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6492 0 48 0 6540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0470.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.063
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.113
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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