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万見
- PDB-1qlb: respiratory complex II-like fumarate reductase from Wolinella suc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qlb
タイトルrespiratory complex II-like fumarate reductase from Wolinella succinogenes
要素(FUMARATE REDUCTASE ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / CITRIC ACID CYCLE / RESPIRATORY CHAIN IRON-SULPHUR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #820 / Fumarate reductase type B, transmembrane subunit / 4Fe-4S dicluster domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Alpha-helical ferredoxin / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit ...Ubiquitin-like (UB roll) - #820 / Fumarate reductase type B, transmembrane subunit / 4Fe-4S dicluster domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Alpha-helical ferredoxin / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FUMARIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IRON/SULFUR CLUSTER / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase cytochrome b subunit / Fumarate reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. / Auer, M. / Michel, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of Fumarate Reductase from Wolinella Succinogenes at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. / Auer, M. / Michel, H.
履歴
登録1999年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT
B: FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN
C: FUMARATE REDUCTASE CYTOCHROME B SUBUNIT
D: FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT
E: FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN
F: FUMARATE REDUCTASE CYTOCHROME B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,81324
ポリマ－259,7956
非ポリマー7,01718
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33070 Å2
ΔGint-196.1 kcal/mol
Surface area100860 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.400, 85.050, 188.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97509, -0.00632, 0.22173), (-0.00665, -0.99998, 0.00072), (0.22172, -0.00217, -0.97511)
ベクター: -10.38753, 42.64769, 93.91269)

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要素

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FUMARATE REDUCTASE ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT


分子量: 72941.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: 8-ALPHA-[-N-EPSILON-HISTIDYL] COVALENT BOND BETWEEN FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD) AND HIS 43
由来: (天然) WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) / 参照: UniProt: P17412, EC: 1.3.99.1
#2: タンパク質 FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN


分子量: 27197.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) / 参照: UniProt: P17596, EC: 1.3.99.1
#3: タンパク質 FUMARATE REDUCTASE CYTOCHROME B SUBUNIT


分子量: 29759.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: HAEM AXIAL LIGANDS - HIS 44, HIS 93, HIS 143, HIS 182
由来: (天然) WOLINELLA SUCCINOGENES (バクテリア) / 参照: UniProt: P17413

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糖 , 1種, 2分子

#11: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 8種, 520分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細FOR RESIDUES 281- 289 (CHAINS A AND D) THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE REPORTED IN THE SWS ...FOR RESIDUES 281- 289 (CHAINS A AND D) THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE REPORTED IN THE SWS DATABASE ENTRY P17412, REFERENCE, LAUTERBACH F., KOERTNER C., ALBRACHT S.P., UNDEN G., KROEGER A., ARCH. MICROBIOL. 154:386-393(1990). THE CORRECT SEQUENCE HAS JUST BEEN CONFIRMED TO BE: DVDGHRFMP (J. SIMON & A. KROEGER, UNPUBLISHED)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19.5 mg/mlprotein1drop
20.05 %dodecyl-beta-maltoside1drop
31 mM1dropK3FeCN6
40.20 %decylmaltoside1drop
52.4 %benzamidine1drop
610 %PEG33501drop
775 mM1dropNaCl
85 %DMF1drop
91 mMDMN1drop
101 mMmalonate1drop
1110 mMHEPES1drop
1210 mMcitrate1drop
13150 mM1reservoirNaCl
1410 %PEG33501reservoir
1520 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 275 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.996
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月26日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→38.87 Å / Num. obs: 152939 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.388

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLA

1qla
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.33→38.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.0045 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES (MLF)
詳細: N(OBS)/N(PAR) = 2.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2499 1.6 %2499 THIN SHELLS
Rwork0.213 ---
obs0.213 152939 95.8 %-
溶媒の処理Bsol: 61.5 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.593 Å20 Å2-3.353 Å2
2---0.903 Å20 Å2
3---4.496 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18148 0 404 504 19056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.298
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.64
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.6551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.1772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.2212.5
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.009 Å / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 257 1.6 %
Rwork0.256 15460 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARHEM.ROYTOPHEM.ROY
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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