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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qkw | ||||||
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タイトル | Alpha-spectrin Src Homology 3 domain, N47G mutant in the distal loop. | ||||||
要素 | ALPHA II SPECTRIN | ||||||
キーワード | CYTOSKELETON / MEMBRANE / SH3 DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Vega, M.C. / Martinez, J. / Serrano, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Thermodynamic and structural characterization of Asn and Ala residues in the disallowed II' region of the Ramachandran plot. 著者: Vega, M.C. / Martinez, J.C. / Serrano, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qkw.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qkw.ent.gz | 15 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qkw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qkw_validation.pdf.gz | 377.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qkw_full_validation.pdf.gz | 377.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qkw_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qkw_validation.cif.gz | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7156.084 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: MUSCLE / プラスミド: PBR322 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.1 M AMMONIUM SULPHATE, 90MM BIS-TRIS PROPANE, 0.9MM EDTA AND 0.9MM DTT., pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 3.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Musacchio, A., (1992) Nature, 359, 851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.2 |
検出器 | 日付: 1998年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15 Å / Num. obs: 3571 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / % possible all: 75 |
反射 | *PLUS % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.037 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SHG 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.28 / 最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 5796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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