+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qk4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IMP COMPLEX | ||||||
要素 | HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal Structures of the Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Gmp and -Imp Complexes: Comparison of Purine Binding Interactions with the Xmp Complex 著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal Structure of Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase with Xmp, Pyrophosphate and Two Mg2+ Ions Bound: Insights Into the Catalytic Mechanism 著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Davis, R.L. / Borhani, D.W. #2: ジャーナル: Gene / 年: 1994 タイトル: Isolation and Sequencing of a Cdna Encoding the Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase from Toxoplasma Gondii 著者: Vasanthakumar, G. / Van Ginkel, S. / Parish, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qk4.cif.gz | 198.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qk4.ent.gz | 156.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qk4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qk4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
| ||||||||||||||||
詳細 | THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A HOMO- TETRAMERIC COMPLEXOF BIOPOLYMERS |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26705.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) 株: RH / プラスミド: PETC1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q26997, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-IMP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 100 MM TRIS (PH 8.5), 200 MM LI2SO4, 0.25 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE 1 MM IMP, 277 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: PT-COATED MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→12.5 Å / Num. obs: 74791 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.863 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 305699 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.383 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QK3, SUBUNIT A, WITHOUT LOOPS, WATERS, OR GMP 解像度: 1.9→12.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16026 / ESU R Free: 0.15181 詳細: X-PLOR WAS USED IN THE EARLY STAGES OF REFINEMENT. REFMAC AND ARP WERE USED TO FINISH THE REFINEMENT, USING THE X-PLOR-CALCULATED BULK SOLVENT CORRECTION.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|