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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qjm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Complex of Lactoferrin with a Lanthanide Ion (SM3+) at 3.4 Angstrom Resolution | ||||||
![]() | LACTOFERRIN | ||||||
![]() | LACTOFERRIN / COMPLEX / IRON BINDING / TRANSFERRIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast development / specific granule / antifungal humoral response / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis ...negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast development / specific granule / antifungal humoral response / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / serine-type peptidase activity / ossification / innate immune response in mucosa / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, A.K. / Singh, T.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lactoferrin-Metal Interactions: First Crystal Structure of a Complex of Lactoferrin with a Lanthanide Ion (Sm3+) at 3.4 Angstrom Resolution 著者: Sharma, A.K. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1bgr S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75371.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | 配列の詳細 | THE SEQUENCE WAS DETERMINED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8 詳細: PROTEIN SOLUTION WITH A CONCENTRATION OF 40MG/ML IN 0.025M TRIS-HCL WAS EQUILIBRATED AGAINST THE SAME BUFFER CONTAINING 10% (V/V) ETHANOL AT PH 8.0 AT 4 DEGREE. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: PINHOLE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→17 Å / Num. obs: 8782 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.8 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 55 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 75612 / Rmerge(I) obs: 0.126 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55 % / Rmerge(I) obs: 0.263 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BGR ![]() 1bgr 解像度: 3.4→17 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→17 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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