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万見
- PDB-1qjg: Crystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qjg
タイトルCrystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase from Pseudomonas testosteroni in complex with equilenin
要素KETOSTEROID ISOMERASE
キーワードISOMERASE / KETOSTEROID ISOMERASE / KSI / STEROID ISOMERATION
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Steroid delta5-4-isomerase / Ketosteroid isomerase / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EQUILENIN / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS TESTOSTERONI (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cho, H.-S. / Oh, B.-H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Delta-5-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Testosteroni in Complex with Equilenin Settles the Correct Hydrogen Scheme for Transition-State Stabilization
著者: Cho, H.-S. / Ha, N.-C. / Choi, G. / Kim, H.-J. / Lee, D. / Oh, K.S. / Kim, K.S. / Lee, W. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Delta-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Testosteroni.
著者: Cho, H.-S. / Choi, G. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H.
履歴
登録1999年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KETOSTEROID ISOMERASE
B: KETOSTEROID ISOMERASE
C: KETOSTEROID ISOMERASE
D: KETOSTEROID ISOMERASE
E: KETOSTEROID ISOMERASE
F: KETOSTEROID ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,23313
ポリマ－80,5396
非ポリマー1,6947
水2,792155
1
C: KETOSTEROID ISOMERASE
D: KETOSTEROID ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3794
ポリマ－26,8462
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-7.9 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
2
A: KETOSTEROID ISOMERASE
B: KETOSTEROID ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4755
ポリマ－26,8462
非ポリマー6293
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-14.4 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
3
E: KETOSTEROID ISOMERASE
F: KETOSTEROID ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3794
ポリマ－26,8462
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.900, 72.500, 80.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 3 INDEPENDENT COPIES OF THEBIOMOLECULE WHICH CONSISTS OF A HOMO -DIMERIC-COMPLEX

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要素

#1: タンパク質
KETOSTEROID ISOMERASE


分子量: 13423.171 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EQUILENIN, SO4
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS TESTOSTERONI (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00947
#2: 化合物
ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン


分子量: 266.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 4.6
詳細: PEG 4000 25%, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
225 %PEG40001drop
30.1 Msodium acetate1drop
40.2 Mammonium sulfate1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→20 Å / Num. obs: 37500 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / % possible all: 90
反射
*PLUS
Num. measured all: 102917 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8CHO

8cho


解像度: 2.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 366 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 7337 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 0 125 155 5946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.389
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.389
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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