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- PDB-1qix: Porcine pancreatic elastase complexed with human beta-casomorphin-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qix
タイトルPorcine pancreatic elastase complexed with human beta-casomorphin-7
要素
  • BETA-CASOMORPHIN-7
  • ELASTASE
キーワードSERINE PROTEINASE / HYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a Specific Acyl-Enzyme Complex Formed between Beta-Casomorphin-7 and Porcine Pancreatic Elastase
著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65A Resolution
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: Human Beta-Casein
著者: Greenberg, R. / Groves, M.L. / Dower, H.J.
履歴
登録1999年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CASOMORPHIN-7
B: ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9284
ポリマ－26,7922
非ポリマー1362
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.282, 58.240, 75.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BETA-CASOMORPHIN-7


分子量: 863.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: タンパク質 ELASTASE / PPE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PORCINE PANCREATIC ELASTASE / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, EC: 3.4.21.11
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE IS AN ESTER BOND BETWEEN THE CARBOXYL TERMINUS OF THE BETA-CASOMORPHIN-7 PEPTIDE AND THE ...THERE IS AN ESTER BOND BETWEEN THE CARBOXYL TERMINUS OF THE BETA-CASOMORPHIN-7 PEPTIDE AND THE HYDROXYL SIDE CHAIN OF SER-195 THE RESIDUE NUMBERING SCHEME USED FOR ELASTASE WAS CHOSEN TO MAXIMISE HOMOLOGY WITH THE NUMBERING FOR CHYMOTRYPSINOGEN A.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化pH: 5
詳細: CRYSTALLISED FROM 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 25 MG/ML BCM7.
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.04 mMsodium acetate1drop
250 mg/mlPPE1drop
350 mg/mlBCM71drop
450 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.5 Å / Num. obs: 18368 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 15.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 19.48
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 4.56 / % possible all: 99.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
MOSFLMV. 6.0データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EST

3est


解像度: 1.9→38.5 Å / SU B: 2.88082 / SU ML: 0.08656 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14853 / ESU R Free: 0.14056
詳細: CNS ALSO USED. THIS STRUCTURE HAS BEEN RE-PROCESSED SINCE THE ORIGINAL PAPER WAS PUBLISHED AND THEREFORE SOME OF THE DISTANCES AND ANGLES BETWEEN THE ATOMS IN THIS PDB ENTRY MAY NOT EXACTLY ...詳細: CNS ALSO USED. THIS STRUCTURE HAS BEEN RE-PROCESSED SINCE THE ORIGINAL PAPER WAS PUBLISHED AND THEREFORE SOME OF THE DISTANCES AND ANGLES BETWEEN THE ATOMS IN THIS PDB ENTRY MAY NOT EXACTLY AGREE WITH THOSE QUOTED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 772 4 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs-18368 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1833 0 6 116 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4973
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.6433
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02290.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1360.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor18.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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