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- PDB-1qi2: ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHAERENS IN THE TETRAGONAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qi2
タイトルENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHAERENS IN THE TETRAGONAL CRYSTAL FORM IN COMPLEX WITH 2',4'-DINITROPHENYL 2-DEOXY-2-FLUORO-B-D-CELLOTRIOSIDE
要素ENDOGLUCANASE B
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / ENDOGLUCANASE / GLYCOSHYDROLASE FAMILY 5
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2-fluoro-beta-cellotriose / Endoglucanase 5A / Endoglucanase B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus agaradhaerens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Varrot, A. / Schulein, M. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Insights into ligand-induced conformational change in Cel5A from Bacillus agaradhaerens revealed by a catalytically active crystal form.
著者: Varrot, A. / Schulein, M. / Davies, G.J.
履歴
登録1999年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8637
ポリマ－34,1561
非ポリマー7076
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ENDOGLUCANASE B
ヘテロ分子

A: ENDOGLUCANASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,72614
ポリマ－68,3122
非ポリマー1,41412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
3
A: ENDOGLUCANASE B
ヘテロ分子

A: ENDOGLUCANASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,72614
ポリマ－68,3122
非ポリマー1,41412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.540, 74.540, 135.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE B / CELLULASE / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE


分子量: 34156.180 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus agaradhaerens (バクテリア)
株: AC13 / プラスミド: PMOL995 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 CELLULASE NEGATIVE / 参照: UniProt: P06565, UniProt: O85465*PLUS, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-beta-cellotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 506.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2-deoxy-2-fluoro-beta-cellotriose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*F][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp2fluoro]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE 26 FIRST RESIDUES ARE CLEAVED IN ORDER TO GET THE MATURE PROTEIN. THE REAL NUMBERING BEGINS AT ...THE 26 FIRST RESIDUES ARE CLEAVED IN ORDER TO GET THE MATURE PROTEIN. THE REAL NUMBERING BEGINS AT RESIDUE 27 WHICH IS 1 IN THIS ENTRY. THE FIRST 3 RESIDUES OF THE CORE ARE TOO DISORDERED TO BE SEEN IN THE DENSITY MAP. THE CORE DOMAIN CORRESPONDS TO RESIDUES 1-305.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN (20MGML-1) WAS CRYSTALLISED FROM 28% PEG400 AS PRECIPITANT, 100MM TRIETHANOLAMINE AT PH 7.0 AS BUFFER AND 200 MM CACL2. THE CRYSTALS WERE SOAKED 18H WITH SOME POWDER OF 2-FLUORO- CELLOTRIOSE, pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %PEG4001reservoir
2100 mMtriehanolamine1reservoir
3200 mMcalcium chloride1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.872
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 35426 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 4.9 / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 32.8 / % possible all: 96.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.75→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1910 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.17 39407 94.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 38 381 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0220.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0220.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.323
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.8435
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.074
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.8856
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0990.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1950.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1160.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor27.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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