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- PDB-1qhd: CRYSTAL STRUCTURE OF VP6, THE MAJOR CAPSID PROTEIN OF GROUP A ROT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qhd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VP6, THE MAJOR CAPSID PROTEIN OF GROUP A ROTAVIRUS
要素VIRAL CAPSID VP6
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=13 icosahedral viral capsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mathieu, M. / Petitpas, I. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Atomic structure of the major capsid protein of rotavirus: implications for the architecture of the virion.
著者: Mathieu, M. / Petitpas, I. / Navaza, J. / Lepault, J. / Kohli, E. / Pothier, P. / Prasad, B.V. / Cohen, J. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Rotavirus Protein Vp6
著者: Petitpas, I. / Lepault, J. / Vachette, P. / Charpilienne, A. / Mathieu, M. / Kohli, E. / Pothier, P. / Cohen, J. / Rey, F.A.
履歴
登録1999年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIRAL CAPSID VP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2078
ポリマ－44,9061
非ポリマー3017
水5,224290
1
A: VIRAL CAPSID VP6
ヘテロ分子

A: VIRAL CAPSID VP6
ヘテロ分子

A: VIRAL CAPSID VP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,62124
ポリマ－134,7173
非ポリマー90421
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area15230 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area40510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.780, 157.780, 157.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Cell settingcubic
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

ZN

21A-502-

CL

31A-503-

CA

41A-508-

CA

51A-890-

HOH

61A-891-

HOH

71A-892-

HOH

81A-893-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VIRAL CAPSID VP6


分子量: 44905.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ONE MONOMER IN ASYMETRIC UNIT / 由来: (組換発現) Bovine rotavirus (ウイルス) / 生物種: Rotavirus A / 株: RF / 遺伝子: SEGMENT 6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04509
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-ACETYLATION IN THE STRUCTURE, NUMBERED AS RESIDUE ACE A 0 ERROR IN CDNA SEQUENCING GLN142 WRITTEN ...N-ACETYLATION IN THE STRUCTURE, NUMBERED AS RESIDUE ACE A 0 ERROR IN CDNA SEQUENCING GLN142 WRITTEN AS PRO IN DATABASE (UNDER CORRECTION)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES PH 7.5, 200MM CACL2, 14 TO 20% PEG 550, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Petitpas, I., (1998) J.Virol., 72, 7615.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein11
2100 mM11Ca2+
314-20 %mPEG55011
4200 mM11CaCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1110.88
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B20.88
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年8月15日
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42 Å / Num. obs: 48534 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / Rsym value: 7.2 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 25.2 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.252

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→42 Å / Rfactor Rfree error: 0.0044 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2444 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs-48467 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.252 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.209 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 7 290 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.629
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.94
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.425
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.3671
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.2971
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.8762
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.012
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 266 5.52 %
Rwork0.269 4432 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMETER.ELEMENTSTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.ION
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.94
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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