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- PDB-1qez: SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS INORGANIC PYROPHOSPHATASE: AN ARCHAEL P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qez
タイトルSULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS INORGANIC PYROPHOSPHATASE: AN ARCHAEL PYROPHOSPHATASE.
要素PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / INORGANIC PYROPHOSPHATASE (無機ピロホスファターゼ) / THERMOSTABILITY (耐熱性) / MAGNESIUM (マグネシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
無機ピロホスファターゼ / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase signature. / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase superfamily / 無機ピロホスファターゼ / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
無機ピロホスファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Leppanen, V.-M. / Nummelin, H. / Hansen, T. / Lahti, R. / Schafer, G. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Sulfolobus acidocaldarius inorganic pyrophosphatase: structure, thermostability, and effect of metal ion in an archael pyrophosphatase.
著者: Leppanen, V.M. / Nummelin, H. / Hansen, T. / Lahti, R. / Schafer, G. / Goldman, A.
履歴
登録1999年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
B: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
C: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
D: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
E: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
F: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,56412
ポリマ－116,4186
非ポリマー1466
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13180 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area38630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.120, 98.730, 107.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 78.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.4949, 0.4912, -0.7168), (-0.2223, 0.7259, 0.6509), (0.8401, 0.4814, -0.25)3.4738, -19.2814, 41.0586
2given(-0.4731, -0.2392, 0.8479), (0.4933, 0.7255, 0.4799), (-0.73, 0.6453, -0.2253)40.5894, -11.8397, 16.1898
3given(0.9138, -0.0185, -0.4058), (-0.0197, -0.9998, 0.0012), (-0.4058, 0.0069, -0.9139)11.1073, 0.0738, 52.3605
4given(-0.1697, -0.4885, 0.8559), (-0.4785, -0.7184, -0.5049), (0.8615, -0.4953, -0.1118)-2.0342, 19.4783, 13.4203
5given(-0.7715, 0.2529, -0.5838), (0.2465, -0.7272, -0.6407), (-0.5865, -0.6382, 0.4987)41.7546, 11.2839, 21.1301

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE) / PPASE / S-PPASE


分子量: 19402.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / プラスミド: PET-3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50308, 無機ピロホスファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 4% PEG-8000, 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS/HCL PH8.0
結晶化
*PLUS
温度: 26 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: protein solution is mixed 2:1 with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
121-26 mg/mlprotein1drop
23.5-4.5 %PEG80001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 38004 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 62.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 256303 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PRD

2prd


解像度: 2.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 157938.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 3485 10 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs-34928 92.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7947 0 6 75 8028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 261 10.7 %
Rwork0.319 2171 -
obs--64.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMETER.ELEMENTSTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3TOPOLOGY.ELEMENTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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