+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qex | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BACTERIOPHAGE T4 GENE PRODUCT 9 (GP9), THE TRIGGER OF TAIL CONTRACTION AND THE LONG TAIL FIBERS CONNECTOR | ||||||
![]() | PROTEIN (BACTERIOPHAGE T4 GENE PRODUCT 9 (GP9)) | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE T4 / BASEPLATE / GENE PRODUCT 9 / OLIGOMERIZATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kostyuchenko, V.A. / Navruzbekov, G.A. / Kurochkina, L.P. / Strelkov, S.V. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of bacteriophage T4 gene product 9: the trigger for tail contraction. 著者: Kostyuchenko, V.A. / Navruzbekov, G.A. / Kurochkina, L.P. / Strelkov, S.V. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic characterization of bacteriophage T4 baseplate protein encoded by gene 9. 著者: Strelkov, S.V. / Zurabishvili, T.G. / Nepluev, I.V. / Efimov, V.P. / Isupov, M.N. / Harutyunyan, E.H. / Mesyanzhinov, V.V. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 471.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.49937, 0.86639, 0.00032), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31024.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 9 / プラスミド: PET-23D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 28% PEG-400 0.2M CACL2 HEPES-NA BUFFER, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 33400 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 96.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELLED STEREOCHEMICALLY AND MARKED BY HIGH B-FACTORS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.78 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.304 / % reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor Rwork: 0.28 |