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- PDB-1qdm: CRYSTAL STRUCTURE OF PROPHYTEPSIN, A ZYMOGEN OF A BARLEY VACUOLAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qdm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PROPHYTEPSIN, A ZYMOGEN OF A BARLEY VACUOLAR ASPARTIC PROTEINASE.
要素PROPHYTEPSIN
キーワードHYDROLASE / ASPARTIC PROTEINASES / PHYTEPSIN / SAPOSIN-LIKE DOMAIN / ZYMOGEN STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


phytepsin / vacuole / lipid metabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Phytepsin / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like ...Phytepsin / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kervinen, J. / Tobin, G.J. / Costa, J. / Waugh, D.S. / Wlodawer, A. / Zdanov, A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of plant aspartic proteinase prophytepsin: inactivation and vacuolar targeting.
著者: Kervinen, J. / Tobin, G.J. / Costa, J. / Waugh, D.S. / Wlodawer, A. / Zdanov, A.
履歴
登録1999年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROPHYTEPSIN
B: PROPHYTEPSIN
C: PROPHYTEPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,9853
ポリマ－153,9853
非ポリマー00
水00
1
A: PROPHYTEPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3281
ポリマ－51,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROPHYTEPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3281
ポリマ－51,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROPHYTEPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3281
ポリマ－51,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.0, 160.9, 81.4
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 109.6, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The monomer is biologically active molecule.

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要素

#1: タンパク質 PROPHYTEPSIN


分子量: 51328.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P42210, phytepsin
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 15% PEG 6000, 50mM MAGNESIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.1 M1dropNaCl
415 %PEG60001reservoir
550 mMmagnesium acetate1reservoir
60.1 Msodium cacodylate1reservoir
70.02 %sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. all: 70907 / Num. obs: 49301 / % possible obs: 69.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 1059 / % possible all: 29.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 29.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CCP4& PHASESモデル構築
X-PLOR精密化
CCP4位相決定
PHASES位相決定
精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.224 --
all0.224 49301 -
obs0.224 42242 60.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9336 0 0 0 9336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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