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- PDB-5ydm: The crystal structure of the Acyl Transferase domain of SpnD comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydm
タイトルThe crystal structure of the Acyl Transferase domain of SpnD complex with benzylmalonyl
要素PKS
キーワードTRANSFERASE / PKS / Acyl Transferase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase ...Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-methanoyl-3-phenyl-propanoic acid / PKS
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. CNQ431 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, Y. / Qu, X.D. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of a Broadly Selective Acyltransferase from the Polyketide Synthase of Splenocin.
著者: Li, Y. / Zhang, W. / Zhang, H. / Tian, W.Y. / Wu, L. / Wang, S.W. / Zheng, M.M. / Zhang, J.R. / Sun, C.H. / Deng, Z.X. / Sun, Y.H. / Qu, X.D. / Zhou, J.H.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PKS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4272
ポリマ－46,2481
非ポリマー1781
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.927, 108.927, 144.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-722-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PKS


分子量: 46248.445 Da / 分子数: 1 / 断片: Acyl Transferase domain, UNP residues 457-861 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. CNQ431 (バクテリア)
遺伝子: spnD
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0A0E3JLZ0
#2: 化合物 ChemComp-DUW / (2R)-2-methanoyl-3-phenyl-propanoic acid


分子量: 178.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5M Lithium sulfate monohydrate a, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 30565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.709

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化解像度: 2.5→48.714 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 1454 4.76 %
Rwork0.1986 --
obs0.1997 30565 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 13 131 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1424250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7331881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.499-2.58840.27631350.23322610X-RAY DIFFRACTION90
2.5884-2.6920.26861530.22012851X-RAY DIFFRACTION99
2.692-2.81450.24651480.21782880X-RAY DIFFRACTION100
2.8145-2.96290.19731480.21752902X-RAY DIFFRACTION100
2.9629-3.14850.25691450.2172914X-RAY DIFFRACTION100
3.1485-3.39150.22661300.20872913X-RAY DIFFRACTION100
3.3915-3.73270.23941520.19612936X-RAY DIFFRACTION100
3.7327-4.27250.17721150.17722979X-RAY DIFFRACTION100
4.2725-5.38190.19751580.17152978X-RAY DIFFRACTION100
5.3819-48.72290.21711700.20313148X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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