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- PDB-1qd6: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd6
タイトルOUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI
要素
  • OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA)
  • PROTEIN (OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA))
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ANTI-PARALLEL BETA BARREL DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process ...phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process / cell outer membrane / calcium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A1 / Phospholipase A1 / Phospholipase A1 superfamily / Phospholipase A1 / Outer membrane phospholipase (ompla); Chain C / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-HEXADECANOSULFONIC ACID / Phospholipase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural evidence for dimerization-regulated activation of an integral membrane phospholipase.
著者: Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of outer membrane phospholipase A from Escherichia coli
著者: Blaauw, M. / Dekker, N. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1999年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA)
B: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA)
C: PROTEIN (OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA))
D: PROTEIN (OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9268
ポリマ－58,2324
非ポリマー6934
水1,20767
1
A: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA)
C: PROTEIN (OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5035
ポリマ－29,1162
非ポリマー3873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
2
B: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA)
D: PROTEIN (OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4233
ポリマ－29,1162
非ポリマー3071
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.067, 84.038, 95.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A,C and B,D related by a NCS twofold rotation

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA)


分子量: 1402.640 Da / 分子数: 2 / 断片: RESDIUES 33-45 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P0A921
#2: タンパク質 PROTEIN (OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE (OMPLA))


分子量: 27713.598 Da / 分子数: 2
Mutation: ENZYME WITH N-TERMINAL EXTENSION ARIRAP AND COVALENTLY SULFONYLATED ON SERINE144
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A921, phospholipase A1
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-HDS / 1-HEXADECANOSULFONIC ACID / 1-ヘキサデカンスルホン酸


分子量: 306.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL WAS MUTATED TO EXTEND WITH RESIDUES ARIRAP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG400, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: protein solution is mixed in a 3:2 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
210 mMsuccinate1drop
31.5 %beta-OG1drop
41 mM1dropNaN3
51 mM1reservoirCaCl2
60.1 Mbis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99385
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99385 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20.3 Å / Num. all: 76223 / Num. obs: 28336 / % possible obs: 74.1 % / 冗長度: 2.69 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.265 / Num. unique all: 2510 / % possible all: 66.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: MONOMER OMPLA (1QD5) WITHOUT WATER/DETERGENT MOLECULES

1qd5


解像度: 2.1→20.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction Anisotropic scaling
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2408 8.3 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 28947 74.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4111 0 42 67 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.42.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.283
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.855
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.285.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 180 7.2 %
Rwork0.225 2330 -
obs--66.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1parhcsdx_adapt.protophcsdx.pro
X-RAY DIFFRACTION2param19.soltoph19.sol
X-RAY DIFFRACTION3hdsf.parhdsf.top
X-RAY DIFFRACTION4ca.parca.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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