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- PDB-1qcu: CRYSTAL STRUCTURE OF AN 18 BASE PAIR COPY CONTROL RELATED RNA DUPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qcu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN 18 BASE PAIR COPY CONTROL RELATED RNA DUPLEX
要素
  • 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • 5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードRNA / A-RNA STRUCTURE / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Klosterman, P.S. / Shah, S.A. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of two plasmid copy control related RNA duplexes: An 18 base pair duplex at 1.20 A resolution and a 19 base pair duplex at 1.55 A resolution.
著者: Klosterman, P.S. / Shah, S.A. / Steitz, T.A.
履歴
登録1999年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
C: 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2018
ポリマ－14,1294
非ポリマー724
水3,513195
1
A: 5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1376
ポリマ－7,0642
非ポリマー724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0642
ポリマ－7,0642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.806, 43.806, 29.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

NH4

21A-203-

NH4

31B-201-

NH4

41B-204-

NH4

51A-206-

HOH

61A-207-

HOH

71B-205-

HOH

81B-208-

HOH

91B-332-

HOH

101B-352-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3752.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 3312.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE CRYSTALS EXHIBIT 36-FOLD STATIC DISORDER, SUCH THAT THERE IS ONE CONFORMATION OF THE SUGAR- ...THE CRYSTALS EXHIBIT 36-FOLD STATIC DISORDER, SUCH THAT THERE IS ONE CONFORMATION OF THE SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE BUT THE BASE COMPOSITION IS AVERAGED AT EACH POSITION. THE CRYSTALS WERE GROWN FROM TWO 18MER OLIGORIBONUCLEOTIDES, WITH SEQUENCES 5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*GP* CP*GP*GP*UP*GP*C)-3' AND 5'-R(*CP*AP*CP*CP*GP*CP*UP*AP*CP* CP*AP*AP*CP*GP*GP*UP*GP*C)-3' RESPECTIVELY. THESE SEQUENCES OCCUR NATURALLY IN E. COLI. THE AVERAGING PRODUCES CRYSTALS WITH ONE TURN, 11 BASE PAIRS, OF A RNA IN THE ASYMMETRIC UNIT. THIS IS MODELED USING ONE G AND ONE C RESIDUE CONNECTED TO EACH RIBOSE C1*, WITH PARTIAL OCCUPANCIES EQUAL TO THE FREQUENCIES OF PURINES AND PYRIMIDINES, RESPECTIVELY, IN THE 18MER DUPLEX. STRAND A, ALL G'S, AND STRAND C, ALL C'S, HAVE IDENTICAL RIBOSE AND PHOSPHATE COORDINATES AND ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS; LIKEWISE STRAND B, ALL C'S, AND STRAND D, ALL G'S, HAVE IDENTICAL SUGAR - PHOSPHATE BACKBONES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (NH4)2SO4, SODIUM CACODYLATE, MGCL2, ROP PROTEIN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2SODIUM CACODYLATE11
3MGCL211
4ROP PROTEIN11
5(NH4)2SO412
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 mMRNA oligo1drop
21.0 mMrop protein1drop
31.05 Mammonium sulfate1drop
45 mMsodium cacodylate1drop
51 mM1dropMgCl2
60.02 %sodium azide1drop
72.1 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンCHESS A110.914
回転陽極RIGAKU RU30021.5418
検出器
タイプID検出器日付
PRINCETON 2K1CCD1997年5月17日
RIGAKU RAXIS2IMAGE PLATE1997年7月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9141
21.54181
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 19666 / Num. obs: 18266 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 77.1
反射
*PLUS
% possible obs: 93 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A-RNA

解像度: 1.2→30 Å / Num. parameters: 7977 / Num. restraintsaints: 21649 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0
StereochEM target val spec case: USED THE AVERAGE OF GUA C6 O6, ADE C6 N6 BOND LENGTHS AS THE C6 O6 BOND LENGTH
立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 6.5% THE MOLECULE CRYSTALLIZED IN SPACE GROUP P321. HOWEVER THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT IN THE LOWER SPACE GROUP P3. THE COORDINATES ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 6.5% THE MOLECULE CRYSTALLIZED IN SPACE GROUP P321. HOWEVER THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT IN THE LOWER SPACE GROUP P3. THE COORDINATES DEPOSITED ARE FOR THE SPACE GROUP P3.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1503 909 5 %
all0.1175 18266 -
obs0.1158 -92.5 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL., 91 201-228 (1973)
Refine analyzeNum. disordered residues: 22 / Occupancy sum hydrogen: 227 / Occupancy sum non hydrogen: 578
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1415 4 195 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.086
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.202 / Rfactor obs: 0.116 / Rfactor Rfree: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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