+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qcu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN 18 BASE PAIR COPY CONTROL RELATED RNA DUPLEX | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA / A-RNA STRUCTURE / RIBONUCLEIC ACID | ||||||
機能・相同性 | AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Klosterman, P.S. / Shah, S.A. / Steitz, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of two plasmid copy control related RNA duplexes: An 18 base pair duplex at 1.20 A resolution and a 19 base pair duplex at 1.55 A resolution. 著者: Klosterman, P.S. / Shah, S.A. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3752.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: RNA鎖 | 分子量: 3312.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-NH4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE CRYSTALS EXHIBIT 36-FOLD STATIC DISORDER, SUCH THAT THERE IS ONE CONFORMATION OF THE SUGAR- ...THE CRYSTALS EXHIBIT 36-FOLD STATIC DISORDER, SUCH THAT THERE IS ONE CONFORMATI | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: (NH4)2SO4, SODIUM CACODYLATE, MGCL2, ROP PROTEIN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 19666 / Num. obs: 18266 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 31.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 77.1 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS % possible obs: 93 % | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77 % |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: A-RNA 解像度: 1.2→30 Å / Num. parameters: 7977 / Num. restraintsaints: 21649 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 StereochEM target val spec case: USED THE AVERAGE OF GUA C6 O6, ADE C6 N6 BOND LENGTHS AS THE C6 O6 BOND LENGTH 立体化学のターゲット値: Parkinson et al. 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 6.5% THE MOLECULE CRYSTALLIZED IN SPACE GROUP P321. HOWEVER THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT IN THE LOWER SPACE GROUP P3. THE COORDINATES ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 6.5% THE MOLECULE CRYSTALLIZED IN SPACE GROUP P321. HOWEVER THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT IN THE LOWER SPACE GROUP P3. THE COORDINATES DEPOSITED ARE FOR THE SPACE GROUP P3.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL., 91 201-228 (1973) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 22 / Occupancy sum hydrogen: 227 / Occupancy sum non hydrogen: 578 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.202 / Rfactor obs: 0.116 / Rfactor Rfree: 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|